Fondato da Eloy Montes nel 1925, il Marathón è uno dei club più prestigiosi in Honduras, avendo vinto otto titoli di Lega e finito come finalista della Liga Nacional de Fútbol de Honduras 12 volte. Poco dopo la sua fondazione, il club entrò in una rivalità intensa con l'Olimpia, club con base a Tegucigalpa. Le partite tra questi due club, sono noti come "Clásicos Nacionales". Il Marathón ha avuto una lunga tradizione di giocatori, il più famoso di essi è probabilmente Gilberto Leonel Machado che ha segnato 78 gol con il club. Nel 1995, il Marathón finì terzo in CONCACAF Champions' Cup. Ma a parte i suoi titoli nazionali, è anche famoso per essere l'unico club honduregno che riuscì a sconfiggere il gigante dell'Argentina, River Plate. La casa del club è l'Estadio Olímpico Metropolitano che è anche la sede della Nazionale honduregna.