Chemical Markup Language

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Il Chemical Markup Language, CML, è un approccio utilizzato in chimica per la gestione delle informazioni riguardanti le molecole utilizzando strumenti come XML e Java. Fu la prima implementazione specifica di un dominio basato strettamente su XML, il sistema più robusto e ampiamente utilizzato per la gestione di informazioni precise in molte aree di applicazione. È stato sviluppato in oltre un decennio da Peter Murray-Rust, Henry Rzepa e altri ed è stato provato in molte aree e su una varietà di macchine.

L'informazione chimica è tradizionalmente conservata in molti tipi di file di formato differente, il che implica l'uso di vari formati per condividere informazioni su un singolo progetto. Il formato CML riunisce più di questi formati in uno solo, aiutando gli sviluppatori CML e i chimici a progettare documenti interoperabili. Esistono un certo numero di strumenti che possono generare, elaborare e mostrare documenti CML. In questo modo l'informazione chimica può essere distribuita all'interno di documenti XML utilizzando il CML.

Il CML è in grado di supportare un'ampia varietà di concetti chimici includendo:

Versioni[modifica | modifica sorgente]

L'ultima versione disponibile è schema 2.5 scaricabile da sourceforge.net. Il formato CML1 è ormai obsoleto e non dovrebbe essere più utilizzato.

Strumenti[modifica | modifica sorgente]

JUMBO, Java Universal Molecular Browser for Objects, è una libreria Java che supporta la validazione, lettura e scrittura di CML così come la conversione a CML di diversi formati correlati e, per esempio, una reazione in CML a una rappresentazione SVG animata della stessa reazione.[1] JUMBO si è evoluto in una libreria Java estensiva in grado di supportare tutti gli elementi nello schema CML.[2] Sebbene JUMBO è usato come un browser, l'approccio preferito è di utilizzare strumenti Open Source come Jmol e JChemPaint.

Note[modifica | modifica sorgente]

  1. ^ (EN) JUMBO Frequently asked Questions
  2. ^ (EN) CML home on Sourceforge

Bibliografia[modifica | modifica sorgente]

  • H. S. Rzepa, P. Murray-Rust and B. J. Whitaker The Internet as a Chemical Information Tool , Chem. Soc. Revs, 1997, 1-10. DOI: 10.1039/CS9972600001
  • P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML, and the World Wide Web. 1. Basic Principles, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 928-942. DOI: 10.1021/ci990052b
  • E. L. Willighagen, Processing CML Conventions in Java, Chemistry Preprint Server, 2000. CPS Archives; E. L. Willighagen, Processing CML Conventions in Java, Internet Journal of Chemistry, 2001, 4. Abstract
  • P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 2. Information Objects and the CMLDOM, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41. DOI: 10.1021/ci000404a
  • G. V. Gkoutos and P. Murray—Rust and S. Rzepa and M. Wright, Chemical Markup, XML, and the World-Wide Web. 3. Toward a Signed Semantic Chemical Web of Trust, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 1124-1130. DOI: 10.1021/ci000406v
  • P. Murray-Rust, H. S. Rzepa and M. Wright, Development of Chemical Markup Language (CML) as a System for Handling Complex Chemical Content, New J. Chem., 2001, 618-634.
  • P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 4. CML Schema, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 757-772. DOI: 10.1021/ci0256541
  • P. Murray—Rust and H. S. Rzepa and J. Williamson and E. L. Willighagen, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 5. Applications of Chemical Metadata in RSS Aggregators, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 462-469. DOI: 10.1021/ci034244p
  • G. L. Holliday, P. Murray-Rust, H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the World Wide Web. Part 6. CMLReact; An XML Vocabulary for Chemical Reactions, J. Chem. Inf. Mod., 2006, 46, 145-157. DOI: 10.1021/ci0502698
  • S. Kuhn, T. Helmus, R. J. Lancashire, P. Murray-Rust, H. S. Rzepa, C. Steinbeck, E. L. Willighagen , Chemical Markup, XML, and the World Wide Web. 7. CMLSpect, an XML Vocabulary for Spectral Data, J. Chem. Inf. Mod., 2007, 47, 2015 -2034. DOI: 10.1021/ci600531a

Voci correlate[modifica | modifica sorgente]

Collegamenti esterni[modifica | modifica sorgente]