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Le università nel Medioevo iniziarono a costituirsi dai primi decenni del XII secolo per tutto il XIII secolo. Le loro radici storiche vanno ricercate soprattutto nelle pre-esistenti scuole delle chiese cattedrali e dei monasteri. Da queste, in un periodo di più ampi cambiamenti sociali e culturali noto come il Rinascimento del XII secolo, si evolse un nuovo modello educativo ed istituzionale. Constatando che le scuole formate presso le sedi monastiche o vescovili stavano ricevendo una crescente domanda di istruzione, in alcune città studenti e professori si associarono e crearono delle scuole, chiamate da loro università per la presenza di discenti provenienti anche da altre nazioni. La prima università è solitamente considerata quella di Bologna; apparsa come un unico corpo organizzato fin dal 1088 (il riconoscimento ufficiale lo ebbe nel 1158), essa nacque inizialmente come centro di studi giuridici. Alla metà del XII secolo, sul modello bolognese, emerse l'Università di Parigi, che avrebbe ricevuto la sanzione ufficiale nel 1200 da re Filippo II e da papa Innocenzo III nel 1215. Da qui in avanti gli istituti iniziarono a diffondersi per gran parte d'Europa, tanto che nel 1300 vi erano già almeno venti università in attività e più di settanta due secoli dopo.

L'organizzazione delle università seguì il modello delle corporazioni delle arti e mestieri tipico dell'età medievale, che gli conferiva una certa autonomia. Le cariche di governo erano elettive e dovevano rispondere a un'assemblea di rappresentanti delle facultas e delle nationes, al cui vertice vi era un rettore e il cui incarico durava solitamente un anno. Le materie di studio erano diritto, medicina, arti liberali e teologia, con quest'ultima che fu esclusiva di Parigi per molto tempo. La durata degli studi era variabile, malgrado solitamente si trascinasse per molti anni, e al termine del percorso, previo il superamento di un esame, lo studente poteva ottenere la licentia ubique docendi, che gli avrebbe permesso di insegnare in tutto il mondo cristiano occidentale. Il metodo scolastico fu alla base degli insegnamenti. I libri manoscritti si rivelarono lo strumento essenziale per studenti e professori, con il risultato che la necessità di disporne in sempre maggiore quantità contribuì a escogitare sistemi per renderli più economici e più velocemente copiabili. Contestualmente iniziò a muovere i primi passi quella che successivamente sarà l'attività editoriale.

La nascita delle università fu anche fonte di scontri. Innanzitutto, la presenza in città di studenti stranieri, talvolta poveri, garantiti da alcune immunità in quanto chierici (erano sottoposti a tonsura) e spesso avvezzi alla goliardia se non proprio alla commissione di veri reati, portò rimostranze da parte degli altri cittadini che appartenevano certamente "ad un altro mondo". Non di rado queste situazioni sfociarono nel sangue. Degna di nota si dimostrò la polemica tra i professori e gli appartenenti agli ordini mendicanti, poiché quest'ultimi vennero accusati di fare concorrenza sleale ai primi. Ne seguì una disputa, anche teologica, in cui presero posizione filosofi, papi e perfino il re Luigi IX di Francia.

Alla fine del medioevo l'istituzione universitaria aveva ormai perso il suo slancio di originalità e innovazione, ma riuscì comunque a sopravvivere alla crisi della filosofia scolastica e, guardando al nuovo movimento umanista che andava ad affermarsi, poté continuare ad esistere come istituzione oramai consolidata per tutta l'età moderna.

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