Chemistry Development Kit

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Chemistry Development Kit
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Logo di Chemistry Development Kit
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Sviluppatore Il progetto CDK
Ultima versione 1.2.5 (30 gennaio 2010)
Sistema operativo Multipiattaforma
Linguaggio Java
Genere Bioinformatica
Chemioinformatica
Educazione
Licenza LGPL
(Licenza libera)
Sito web cdk

Chemistry Development Kit, CDK, è una libreria Java open source per la chemioinformatica e la bioinformatica.[1] È disponibile per sistemi Windows, Mac OS X, Linux e Unix. È distribuito sotto licenza GNU LGPL.

Storia[modifica | modifica wikitesto]

Chemistry Development Kit fu creato nel 2000 da Christoph Steinbeck, Egon Willighagen e Dan Gezelter, gli sviluppatori di Jmol e JChemPaint in quel periodo, allo scopo di creare una base di codici comuni a questi due progetti. Da allora molte persone hanno contribuito al progetto, portando a un ricco insieme di funzionalità come descritto successivamente.

Libreria[modifica | modifica wikitesto]

CDK stesso è una libreria, piuttosto che un programma per l'utilizzo finale. Tuttavia, è stato integrato in vari ambienti per renderne disponibile la sua funzionalità. CDK è attualmente utilizzato in diverse applicazioni, tra le quali CDK-Taverna, Bioclipse e Cinfony.

Funzionalità principali[modifica | modifica wikitesto]

Chemioinformatica[modifica | modifica wikitesto]

  • Edizione e generazione di molecole in 2D
  • Generazione di geometrie 3D
  • Ricerca strutturale (substruttura o struttura esatta)
  • Calcolo dei descrittori QSAR[2]
  • Calcolo delle impronte binarie (fingerprint)
  • Calcoli force field
  • Supporto di molti formati dei file chimici
  • Generatori di struttura

Bioinformatica[modifica | modifica wikitesto]

Generale[modifica | modifica wikitesto]

  • Adattatore Python
  • Adattatore Ruby
  • Comunità degli utenti attivi

Note[modifica | modifica wikitesto]

  1. ^ Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. DOI: 10.1021/ci025584y
  2. ^ Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. DOI: 10.2174/138161206777585274

Voci correlate[modifica | modifica wikitesto]

  • Bioclipse - Programma basato su Eclipse/RCP per la chemioinformatica e la bioinformatica
  • Jmol - Programma di visualizzazione delle molecole in 3D
  • JOELib - Versione Java dei programmi OpenBabel e OELib (versione precedente)
  • JChemPaint - Editor di molecole in 2D

Collegamenti esterni[modifica | modifica wikitesto]