GenBank: differenze tra le versioni
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Versione delle 23:45, 4 lug 2016
GenBank è una banca dati open access, istituita nel 1982, che riporta tutte le sequenze di nucleotidi e le relative proteine ottenute dopo la loro traduzione. Il database è prodotto e mantenuto dal National Center for Biotechnology Information (NCBI), che è parte del National Institutes of Health statunitense, all'interno della International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC).[1]
GenBank riceve le proprie informazioni dai risultati ottenuti su oltre 300.000 distinti organismi da laboratori sparsi in tutto il mondo,[2] rappresentando il più importante punto di riferimento nel suo campo di ricerca. La versione 214 datata 15 giugno 2016 contiene oltre 194 milioni di loci e oltre 213 miliardi di basi da più di 194 milioni di sequenze riportate.[3]
Invio dei dati
Possono essere presentate a GenBank solamente sequenze originali. L'invio diretto dei dati può essere effettuato online tramite BankIt oppure offline utilizzando il software Sequin. Ricevuta la sequenza, il personale addetto esamina l'originalità dei dati e le assegna un numero d'accesso garantendo il controllo di qualità. Infine i dati vengono inseriti nel database e resi pubblici, diventando raggiungibili attraverso Entrez o scaricabili via FTP. Gli invii massivi di Expressed sequence tag (EST), Sequence-tagged site (STS), Genome survey sequence (GSS), e High-throughput genome sequence (HTGS) sono più spesso opera di centri di sequenziamento su larga scala. GenBank gestisce ed elabora anche sequenze genomiche microbiche complete.
Note
- ^ (EN) GenBank Overview, su ncbi.nlm.nih.gov. URL consultato il 4 luglio 2016.
- ^ E.W. Sayers e I. Karsch-Mizrachi, Using GenBank, in Methods Mol Biol, vol. 1374, 2016, pp. 1-22, DOI:10.1007/978-1-4939-3167-5_1.
- ^ (EN) Distribution Release Notes (TXT), su ftp.ncbi.nih.gov, National Center for Biotechnology Information, 15 giugno 2016. URL consultato il 4 luglio 2016.
Collegamenti esterni
- (EN) Sito ufficiale
