Thomas iniziò a giocare a Clemson nel 2018, mettendo a segno 43 tackle, 3,5 sack e 2 passaggi deviati, venendo premiato come Freshman All-American da USA Today. A fine anno i Tigers vinsero il campionato nazionale. Nel 2019 fu inserito nella terza formazione ideale della Atlantic Coast Conference dopo avere fatto registrare 31 tackle, di cui 8 con perdita di yard, e 2 sack. Nel luglio 2020 Thomas contrasse il COVID-19 e optò inizialmente per passare la stagione come redshirt, potendo cioè allenarsi con la squadra ma non scendere in campo.[1] Tuttavia, dopo che la NCAA dichiarò che tutti i giocatori avrebbero potuto disputare la stagione senza perdere un anno di eleggibilità, Thomas decise di scendere in campo, malgrado l'avere saltato gli allenamenti estivi.[2] Il 31 ottobre 2020 Thomas fu espulso per avere tentato di infortunare il quarterback del Boston College Phil Jurkovec. Saltò anche il primo tempo della partita successiva contro Notre Dame.[3] Nel 2022 Thomas mise a segno 2 sack in tre partite mentre nel 2023 ne fece registrare 3 in dodici partite.