Sequence-Tagged Sites

Sequence-Tagged Sites o Siti con Sequenza Etichettata o STS costituiscono una tipologia di marcatori genetici costituiti da una sequenza unica nel genoma, di dimensione compresa tra 200 e 300 paia di basi, che possono essere individuati mediante PCR.

Tipologie

A loro volta sono classificabili in due tipi, definiti rispettivamente SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) e CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences), in base alle modalità operative per la rilevazione.

• SCAR: Sono codominanti locus-specifici. Richiedono l'uso di due primer oligonucleotidici locus-specifici derivati dalla sequenza nucleotidica, ottenuta mediante sequenziamento, di un frammento RAPD amplificato corrispondente a un tratto di interesse.

• CAPS: La maggior parte sono codominanti e locus-specifici. In questo caso, il frammento RAPD di interesse viene amplificato e trattato con enzimi di restrizione. I polimorfismi risiedono nella differenza di lunghezza dei frammenti di restrizione causata da SNP o INDEL che creano o eliminano i siti di riconoscimento dell'endonucleasi di restrizione negli ampliconi.

Applicazioni

I marcatori STS possono essere utilizzati per rilevare microdelezioni (perdite di tratti cromosomici di piccole dimensioni), o per studi di evoluzione e individuazione di diversità genetica tra popolazioni.

Bibliografia

• Vivi Yuskiant, Susumu Shiraishi; Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) Markers inSengon (Paraseriathes falcataria (L.) Nielsen; HAYATI Journal of Biosciences (2010) Vol. 17 No. 4, p 167-172.
• Usha Kiran et al.; SCAR markers: A potential tool for authentication of herbal drugs; Fitoterapia (2010), 81(8), 969-976.
• Avinash Marwal, Anurag Kumar, SahuR.K.Gaur; Molecular Markers: Tool for Genetic Analysis; Animal Biotechnology, Models in Discovery and Translation; (2014), 289-305.
• https://www.prenatalsafe.it/microdelezioni-microduplicazioni

Voci correlate

• Marcatori genetici