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La stagione 2016-2017 dell'Associazione Calcio Legnano si è conclusa con la retrocessione della squadra nel campionato di Eccellenza.
Nel campionato di Serie D 2016-2017 il Legnano viene inserito nel gruppo A dove ritrova, tra le altre, le blasonate Casale e Varese. In Coppa Italia Serie D 2016-2017 i Lilla vengono eliminati nel turno preliminare dalla Bustese Roncalli - squadra della vicina Busto Garolfo - ai tiri di rigore.
In campionato, dopo un pessimo inizio, che relega il Legnano all'ultimo posto in classifica, la squadra risale in graduatoria e raggiunge i play-out, che gioca il 21 maggio 2017 contro la Bustese. L'incontro finisce 3 a 0 a favore di questi ultimi: per la stagione successiva il Legnano viene quindi retrocesso in Eccellenza.