PCR asimmetrica
La PCR asimmetrica è una variante della PCR usata per amplificare preferenzialmente una parte dell'originale DNA rispetto all'altro.[1] La tecnica trova applicazioni in alcuni tipi di sequenziamento e sondaggio di ibridazione dove è richiesto solo uno dei due strand complementari.[2]
Metodologia[modifica | modifica wikitesto]
La PCR asimmetrica differisce dalla PCR normale per l'eccessiva quantità di primer per un filamento scelto. A causa della lenta (aritmetica) amplificazione successiva della reazione (dopo che il primer limitante è stato esaurito) sono necessari ulteriori cicli di PCR.[3]
Una modifica a questo processo, nota come variazione della PCR, utilizza un primer limitante con una temperatura di fusione superiore rispetto al primer in eccesso per mantenere una reazione efficiente quando diminuisce la concentrazione di primer nella reazione intermedia.[4]
Applicazioni[modifica | modifica wikitesto]
La PCR asimmetrica può essere utilizzata per formare DNA a singolo filamento da DNA a doppio filamento, che viene quindi utilizzato per il sequenziamento del DNA nella mutagenesi. Il DNA a singolo filamento è importante anche per la generazione dell'aptamero.[1]
Note[modifica | modifica wikitesto]
- ^ a b Marimuthu Citartan, Asymmetric PCR for good quality ssDNA generation towards DNA aptamer production (PDF), in Songklanakarin J. Sci. Technol., vol. 34, n. 2, December 2011, pp. 125–131. URL consultato il 6 dicembre 2019 (archiviato dall'url originale l'11 gennaio 2020).
- ^ C I Wooddell e R R Burgess, Use of Asymmetric PCR to Generate Long Primers and Single-stranded DNA for Incorporating Cross-linking Analogs into Specific Sites in a DNA Probe, in Genome Res., vol. 6, n. 9, 1996, pp. 886–892, DOI:10.1101/gr.6.9.886.
- ^ Mohammad Heiat, Essential strategies to optimize asymmetric PCR conditions as a reliable method to generate large amount of ssDNA aptamers, in Biotechnology and Applied Biochemistry, vol. 64, n. 4, 14 gennaio 2017, pp. 541–548, DOI:10.1002/bab.1507, PMID 27222205.
- ^ J. Aquiles Sanchez, Linear-After-The-Exponential (LATE)–PCR: An advanced method of asymmetric PCR and its uses in quantitative real-time analysis, in Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 101, n. 7, 4 dicembre 2003, pp. 1933–1938, DOI:10.1073/pnas.0305476101, PMC 357030, PMID 14769930.