EcoRV

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La sequenza di DNA riconosciuta da EcoRV e, in verde, il sito di taglio.
L'enzima EcoRV legato al DNA bersaglio.

EcoRV (pronuncia: eco R cinque) è una endonucleasi di secondo tipo isolata da specifiche linee di Escherichia coli. Spesso l'enzima viene anche definito Eco32I.

In biologia molecolare, EcoRV è un enzima di restrizione comunemente utilizzato, in grado di produrre tagli orizzontali ed estremità non coesive. Esso riconosce la sequenza palindromica 5'-GAT|ATC-3', operando un taglio presso la linea orizzontale. La sequenza complementare è dunque 3'-CTA|TAG-5'.

Struttura[modifica | modifica sorgente]

La struttura di EcoRV è stata definita attraverso cristallografia a raggi X, ad ottenerne la conformazione in associazione alla sequenza bersaglio.[1]

L'interno dell'enzima (core) consiste di un foglietto β composto da cinque filamenti fiancheggiato da α eliche. Questo core è conservato in tutte le endonucleasi di secondo tipo. Esso presenta anche un sottodominio NTD di dimerizzazione, formato da una breve α elica, un foglietto a due filamenti antiparalleli ed una lunga α elica. Questo sottodominio è presente solo in EcoRV e PvuII.[2]

Meccanismo di azione[modifica | modifica sorgente]

Come EcoRI, anche EcoRV forma un omodimero in soluzione prima di legare e tagliare la sua sequenza specifica di DNA.[3] Dapprima l'enzima si lega debolmente ad un sito non specifico di DNA, quindi si sposta casualmente lungo il DNA alla ricerca del sito,[2] che riconosce con estrema specificità.

Il legame di questo enzima induce un cambiamento conformazionale nel DNA, inducendone un piegamento di circa 50°. L'effetto di tale piegamento è una maggiore accessibilità del solco minore ed una compressione di quello maggiore, con conseguenze sul legame fosfodiestere, che viene avvicinato al sito attivo dell'enzima e tagliato. Il taglio dunque non richiede la presenza di ATP.[2] EcoRV è l'unico enzima di restrizione noto per generare un cambiamento conformazionale nel DNA di questa entità.[2]

Utilizzi[modifica | modifica sorgente]

EcoRV è spesso utilizzato, in soluzione in albumina di siero bovino, per operare un subclonaggio, inserendo cioè un frammento genico d'interesse all'interno di un vettore come un plasmide.

Note[modifica | modifica sorgente]

  1. ^ Struttura cristallina di EcoRV: codice PDB [1].
  2. ^ a b c d Pingoud A, Jeltsch A, Structure and functions of type II restriction endonucleases in Nucleic Acids Research, vol. 29, n. 18, 2001, pp. 3705-3727. PMID 11557805.
  3. ^ Bitinaite J, Wah D A, Aggarwal A K, Schildkraut I, Structure FokI dimerization is required for DNA cleavage in Proc Natl Acad Sci USA, vol. 95, n. 18, 1998, pp. 10570-10575. PMID 9724744.

Voci correlate[modifica | modifica sorgente]

  • EcoRI, un altro enzima di restrizione proveniente da Escherichia coli.