Bozza:Bgee
| Bgee sito web | |
|---|---|
 | |
| URL | www.bgee.org/ |
| Tipo di sito | espressione genica database |
| Lingua | Inglese |
| Lancio | 2007 |
| Stato attuale | versione 15.1 |
| Slogan | Cura manuale di ogni studio |
Bgee è un database mantenuto dall’Istituto Svizzero di Bioinformatica (SIB) e dall’Università di Losanna, per consultare e confrontare pattern di espressione genica tra diverse specie animali, a partire da studi di RNA-Seq, scRNA-Seq, Microarray, ibridazione in situ ed EST [1][2]. Bgee offre una risposta intuitiva alla domanda “dov’è espresso il mio gene?” e supporta la ricerca nell’ambito dei tumori, dell’agricoltura e della biologia dell’evoluzione.
Bgee è basato esclusivamente su dati di espressione genica, dopo la pulizia, e provenienti da condizione wild type (nessun gene sottoposto a knock-out, nessun trattamento e nessuna patologia), per offrire una referenza di espressione genica di fenotipo sano e selvatico comparabile.
Bgee identifica la presenza/assenza di espressione e sovra/sotto espressione differenziale, insieme ad informazioni di ortologia dei geni e omologia degli organi. Questo permette di confrontare i pattern di espressione tra le specie.
Bgee permette la ricerca in base al gene, organo, tessuto, tipologia cellulare e stadio di sviluppo.
Bgee è parte del Global Core Biodata Resources (GCBRs), che rappresenta “componenti critiche per garantire la riproducibilità e integrità della ricerca delle scienze della vita”. Bgee è anche una risorsa interoperabile raccomandata da ELIXIR che facilita le attività a supporto dei principi FAIR nella ricerca scientifica.
Note[modifica | modifica wikitesto]
- ^ (EN) Bastian FB, Parmentier G, Roux J, Moretti S, Laudet V, Robinson-Rechavi M, Bgee: Integrating and Comparing Heterogeneous Transcriptome Data Among Species, in Data Integration in the Life Sciences, vol. 5109, Lecture Notes in Computer Science, 2008, pp. 124–131, DOI:10.1007/978-3-540-69828-9_12, ISBN 978-3-540-69827-2.
- ^ (EN) Bastian FB, Roux J, Niknejad A, Comte A, Fonseca Costa SS, Mendes de Farias T, Moretti S, Parmentier G, Rech de Laval V, Rosikiewicz M, Wollbrett J, Echchiki A, Escoriza A, Gharib W, Gonzales-Porta M, Jarosz Y, Laurenczy B, Moret P, Person E, Roelli P, Sanjeev K, Seppey M, Robinson-Rechavi M, The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals, in Nucleic Acids Research, vol. 49, D1, Jan 2021, pp. D831–D847, DOI:10.1093/nar/gkaa793, PMC 7778977, PMID 33037820.
Bibliografia[modifica | modifica wikitesto]
- (EN) Niknejad A, Mungall CJ, Osumi-Sutherland D, Robinson-Rechavi M, Bastian F, Creation and unification of development and life stage ontologies for animals, in arXiv, 2022, DOI:10.48550/arXiv.2206.12231.
- (EN) Komljenovic A, Roux J, Wollbrett J, Robinson-Rechavi M, Bastian F, BgeeDB, an R package for retrieval of curated expression datasets and for gene list expression localization enrichment tests, in F1000Research, vol. 5, 2018, p. 2748, DOI:10.12688/f1000research.9973.2, PMC 6113886, PMID 30467516.
- (EN) Haendel MA, Balhoff JP, Bastian FB, Blackburn DC, Blake JA, Bradford Y, Comte A, Dahdul WM, Dececchi TA, Druzinsky RE, Hayamizu TF, Ibrahim N, Lewis SE, Mabee PM, Niknejad A, Robinson-Rechavi M, Sereno PC, Mungall CJ, Unification of multi-species vertebrate anatomy ontologies for comparative biology in Uberon, in J Biomed Semantics, vol. 5, 2014, p. 21, DOI:10.1186/2041-1480-5-21, PMC 4089931, PMID 25009735.
Collegamenti esterni[modifica | modifica wikitesto]
- (EN) Bgee è anche una risorsa interoperabile raccomandata da ELIXIR, su elixir-europe.org, 14 dicembre 2023.
- (EN) Bgee è parte del Global Core Biodata Resources (GCBRs), su globalbiodata.org, 11 dicembre 2023.
- (EN) A proposito di bgee, su sib.swiss, 4 gennaio 2021.
