L'arresto del presidente Mauro Rusignuolo al termine della stagione precedente è un vero e proprio terremoto che getta il Legnano e la tifoseria lilla nel panico. Per la società, che è estranea alla vicenda, è un grande problema anche l'iscrizione al campionato di Serie C2, questione poi superata grazie al notevole sforzo economico effettuato dalla dirigenza, che versa di tasca propria alla Lega Calcio di Serie C i 400 milioni di lire necessari per la fideiussione.
I dirigenti fanno un ulteriore sforzo economico per trattenere i giocatori migliori e per allestire una squadra che deve puntare, data la situazione, solo alla salvezza. Viene ceduto l'attaccante Giuseppe Pingitore, mentre sul fronte acquisti arrivano in lilla il centrocampista Marcello Koffi Teya e l'attaccante Riccardo Galbusera. A metà stagione Mauro Rusignuolo, risolti parzialmente i guai giudiziari, torna a presiedere la società.
Nella stagione 2000-2001 il Legnano disputa il girone A della Serie C2, totalizzando 40 punti in classifica. Dopo aver sfiorato la salvezza diretta, deve disputare il play-out contro il Moncalieri, che viene superato grazie ad un doppio pareggio per 0-0 ed alla migliore classifica dei Lilla al termine della stagione regolare. Il torneo viene poi vinto con 69 punti dal Padova, che ottiene la promozione diretta in Serie C1, mentre l'altra promossa fu la Triestina, che vince invece i play-off. Il Legnano, in questo campionato, parte molto bene e raggiunge momentaneamente il terzo posto in classifica; da novembre la squadra conosce però una fase di involuzione, che non viene superata neppure dall'innesto del centrocampista francese Stephan Lerda e che porta i Lilla in zona retrocessione. A causa di questi risultati, l'allenatore Roberto Bacchin è esonerato dopo la sconfitta casalinga con il Mestre venendo sostituito da Carlo Muraro; Muraro, a sua volta, si dimette dopo il pareggio alla 27ª giornata con il Moncalieri e viene sostituito da Ernestino Ramella. Invece, in Coppa Italia Serie C, il Legnano, dopo essere giunto primo nel girone B, è eliminato ai sedicesimi di finale dal Varese.
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