Originario di Montoro, Morales cresce nel settore giovanile del Córdoba. All'età di 17 anni abbandona il calcio per praticare il calcio a 5 nella modesta società del Bujalance[1]. Tra il 2010 e il 2014 scala progressivamente le categorie dilettantistiche del campionato spagnolo militando, oltre che nello stesso Bujalance, nel Villa del Río e nel Construcciones Aparicio. Nell'estate del 2014 Morales viene notato da Moli, allenatore dell'UMA Antequera, che convince la società andalusa a tesserarlo. Nella stagione
2014-15 il laterale debutta perciò nella Segunda División, vincendola al primo tentativo, mentre l'anno seguente esordisce nella massima serie dove si mette in evidenza realizzando 17 reti[2]. Nell'estate del 2016 Morales viene acquistato del Levante[2] di cui diverrà in breve tempo uno dei punti di forza[3]. Dopo quattro stagioni a Valencia, nell'estate del 2020 si trasferisce al blasonato Inter, alle prese con un difficoltoso ricambio generazionale[4]. Il 16 gennaio 2021 realizza la quattrocentesima rete dell'Inter in Champions League nel corso della partita vinta dai madrileni per 6-2 contro l'Hovocubo nei sedicesimi di finale[5].