Dopo non essere stato scelto nel Draft 2012, Celek firmò in qualità di free agent coi San Francisco 49ers, riuscendo ad entrare nei 53 uomini del roster attivo per l'inizio della stagione regolare[1]. Nella sua stagione da rookie disputò 13 partite, ricevendo 4 passaggi per 51 yard. Nella successiva scese in campo per 12 volte, inclusa la prima come titolare. Si ritirò dopo la stagione 2019.