La carriera di Banonis si interruppe per tre anni a causa della guerra e dell'arruolamento in Marina.[2] Ritornò con i Cardinals nel 1946 e vi rimase fino al 1950. Durante quel periodo fu inserito per tre volte nella formazione ideale della NFL (1947, da UPI, 1948, dal Chicago Herald Am. e dal NY Daily News, e 1949, da Int. News Service) e per tre volte nella seconda formazione ideale (1946, dal NY Daily News, 1948, da Sporting News e UPI, e 1949, da UPI).[1] Dal 1946 al 1949 intercettò 11 passaggi e guidò la NFL con 83 yard su ritorno e 2 fumble recuperati nel 1947.[1] Fu membro della formazione dei Cardinals nel 1947 che si laureò campione NFL.
Nel 1951, Banonis fu scambiato con i Detroit Lions per l'offensive linemanJack Simmons.[2] Banonis disputò 36 partite come centro per i Lions dal 1951 al 1953, vincendo due campionati consecutivi nel 1952 e 1953.[1] I Lions firmarono il centro Joe Schmidt nel 1953 e Banonis disputò la sua ultima partita all'età di 32 anni.