La costruzione di una linea ferroviaria che collegasse la Città del Vaticano all'allora Regno d'Italia fu disposta dai Patti Lateranensi, firmati bilateralmente fra Italia e Vaticano l'11 febbraio1929. Finanziati interamente dal Regno d'Italia, i lavori di realizzazione della ferrovia Vaticana furono avviati già nell'aprile seguente e si conclusero in tre anni, dopo aver superato notevoli difficoltà sia in fase di redazione del progetto che durante la costruzione della strada ferrata. Nel 1933 Italia e Vaticano stipularono una convenzione accordandosi sulla gestione della linea: il binario che correva all'interno delle mura della Città del Vaticano passò in gestione alla Santa Sede, mentre la porzione di tracciato che si estendeva in territorio italiano passò alle Ferrovie dello Stato. I primi viaggi di collaudo furono effettuati nel 1932, ma l'inaugurazione della ferrovia avvenne solo nel 1934.
Negli anni la linea fu interessata quasi esclusivamente da traffico merci, oggi soppiantato dal trasporto su gomma. Occasionalmente la ferrovia ha effettuato anche servizio passeggeri: la prima volta fu l'11 aprile 1959, quando un convoglio speciale trasportò numerosi fedeli in occasione del trasferimento della salma di Pio X a Venezia. La ferrovia fu utilizzata da un pontefice per la prima volta il 4 ottobre1962, quando Giovanni XXIII si recò in pellegrinaggio a Loreto e Assisi usufruendo del treno. Inizialmente costruita a doppio binario, durante la sistemazione degli impianti della ferrovia in vista del Giubileo del 2000 uno dei due binari è stato rimosso e in suo luogo è sorta una via pedonale chiamata "Passeggiata del Gelsomino". A partire dal settembre2015 la ferrovia espleta regolarmente servizio passeggeri: ogni sabato un treno collega la stazione di Città del Vaticano con le ville pontificie di Castel Gandolfo.
Il viadotto del Gelsomino in una fotografia del 1934; sullo sfondo è visibile la cupola di San Pietro
La ferrovia è a scartamento ordinario ed è lunga complessivamente 1270 metri; escludendo le aste di manovra situate oltre le stazioni di Città del Vaticano e Roma San Pietro, la lunghezza della linea si riduce ad appena 624 m. Sulla linea, il cui armamento è costituito da rotaie da 36 kg/m, dal 27 settembre2013 è attiva l'elettrificazione a 3000 volt a corrente continua lungo tutto il tratto italiano, così da consentire l'eliminazione della scorta degli elettrotreni con automotrici diesel e permettere di mantenere l'alimentazione anche durante la sosta[1]. Il tracciato della ferrovia sconfina in territorio vaticano oltrepassando le mura leonine tramite un varco: dal dicembre1933 tale accesso è sorvegliato da un cancello scorrevole in ferro, la cui apertura è comandata dalla Santa Sede.
La linea diparte dalla stazione di Roma San Pietro, all'altezza dell'intersezione tra la ferrovia Tirrenica e la ferrovia Roma-Capranica-Viterbo. Allontanandosi dalla stazione romana in direzione nord-ovest, il binario segue una traiettoria rettilinea per circa 300 metri, volgendo poi a destra in direzione nord e attraversando la Valle del Gelsomino su di un viadotto a otto luci lungo 143 m. Dopo un rettilineo di 80 m, la linea entra nella Città del Vaticano tramite un varco nelle mura leonine, presso il quale è installato un portone scorrevole; in seguito la ferrovia descrive una curva policentrica di 220 m, lungo la quale si trova la stazione di Città del Vaticano, posta nelle vicinanze del Palazzo del Governatorato, non lontano dalla basilica di San Pietro. Successivamente il binario prosegue nuovamente in rettilineo per 110 m e termina all'interno di una galleria senza uscita, lunga 97 m, utilizzata come asta di manovra.
Luigi Cantamessa e Federico Cremonesi, La Ferrovia della Città del Vaticano, in La tecnica professionale, n.s. 19 (2012), n. 4, pp. 29-32.
Ministero dei Lavori Pubblici del Regno d'Italia, La ferrovia per lo Stato della Città del Vaticano, Roma, Istituto Poligrafico dello Stato, 1934.
Maurizio Panconesi, Le ferrovie di Pio IX. Nascita, sviluppo e tramonto delle strade ferrate dello Stato pontificio (1846-1870), Calosci, 2005, ISBN978-88-7785-206-9.
G. Pini, La ferrovia della Città del Vaticano, 1934.
F. Zanetti, Dalle prime ferrovie dello Stato Pontificio a quella dello Stato della Città del Vaticano, in "L'Illustrazione Vaticana" 3, 1932, S. 376-378.