Il campionato fu esteso da 82 squadre ad 87 squadre. Dalla Pervaja Gruppa A 1968 era stata retrocessa la Dinamo Kirovobad, che sostituì la neo promossa Uralmaš vincitrice della Vtoraja Gruppa A 1968; erano state inoltre retrocesse in Klass B 1969 Spartak Gomel, Avangard Žëltye Vody, SKCF Sebastopoli e Dnepr Kremenčuk, mentre Zvezda Rjazan' e SKA Novosibirsk non si iscrissero; pertanto furono promosse o ripescate undici squadre provenienti dalla Klass B 1968.
Fu l'ultimo campionato con questo nome e l'ultimo diviso in più gironi: in vista della riorganizzazione del campionato col nome di Vtoraja Gruppa A l'anno seguente fu identificata la terza serie, mentre la Klass B divenne la quarta serie. Pertanto quasi tutte le squadre partecipanti rimasero in Vtoraja Gruppa A, scendendo di fatto di categoria.
Le ottantasette squadre furono divise in quattro gironi, ognuno con composizioni e regole differenti; in tutti e quattro i gironi, compresi quelli finali, il sistema prevedeva due punti per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta e erano previste gare di andata e ritorno:
Girone 1: composto da 20 squadre provenienti dalla Russia, 38 incontri per squadra; prima classificata ammessa al girone finale per la promozione.
Girone 2: composto da 24 squadre provenienti dalla Russia, divise in due gironi:
Girone 2 - Zona 1: dodici squadre, 22 incontri per squadra, le prime 6 ammesse al girone per i primi dodici posti, le ultime sei ammesse al girone per gli ultimi dodici posti.
Girone 2 - Zona 2: dodici squadre, 22 incontri per squadra, le prime 6 ammesse al girone per i primi dodici posti, le ultime sei ammesse al girone per gli ultimi dodici posti.
Girone 1-12: dodici squadre, 12 incontri per squadra; prima classificata ammessa al girone finale per la promozione. Venivano disputati solo gli incontri (di andata e ritorno) contro formazioni che non appartenevano allo stesso girone iniziale.
Girone 13-24: dodici squadre, 12 incontri per squadra: venivano disputati solo gli incontri (di andata e ritorno) contro formazioni che non appartenevano allo stesso girone iniziale.
Girone 3: composto da 22 squadre provenienti dall'Ucraina, 42 incontri per squadra; prima classificata ammessa al girone finale per la promozione.
Girone 4: composto da 22 21 squadre provenienti dalle restanti repubbliche, 40 incontri per squadra; prima classificata ammessa al girone finale per la promozione.
Nella seconda fase le prime classificate dei quattro gironi disputavano un girone promozione con gare di sola andata tutte disputate a Sinferopoli, per un totale tre incontri per squadra; il sistema prevedeva due punti per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta. Veniva promossa in Vysšaja Gruppa A 1970 la vincitrice del girone promozione.
Per l'ammissione alla neonata Pervaja Gruppa A 1970, nuovo nome della seconda serie, si tenne conto dei risultati e della provenienza geografica; in particolare erano ammessi:
I tre finalisti perdenti.
Le squadre classificate dal secondo al quarto posto nel girone 1[1]
Le squadre classificate dal secondo al quarto posto nel girone finale del secondo raggruppamento.
La seconda e la terza del Girone 3.
Le migliori classificate di ciascuna delle altre repubbliche.
Şaxter Qarağandı, Lokomotiv Tbilisi, Energetik Dušanbe, Stroitel' Aşgabat, Moldova Kishinev, Alga Frunze e Daugava Rīga ammessi alla nuova Pervaja Gruppa A 1970.