La stagione 2012-2013 del Trapani è la seconda stagione in Prima Divisione e la 43ª complessiva nella terza serie. La squadra del riconfermato allenatore Roberto Boscaglia è rinnovata nei ranghi ma sempre ad alto tasso di sicilianità (16 su 25 dei giocatori utilizzati sono siciliani) e affronta il ritiro estivo pre-stagionale a Montecopiolo, in provincia di Pesaro e Urbino, dal 20 luglio al 4 agosto. Il 5 agosto partecipa al primo turno della Coppa Italia, turno superato battendo la formazione di Este, mentre al secondo turno la squadra viene eliminata dalla Ternana per 2-0. Il 30 ottobre arriva il nuovo direttore sportivo Daniele Faggiano. Il campionato di Lega Pro Prima Divisione 2012-2013 inizia con due sconfitte nelle prime quattro giornate, a opera di Carpi e Virtus Entella. Da ottobre, dopo la sconfitta in casa contro il Lecce, si inaugura un periodo positivo con sei risultati utili consecutivi, che fanno immediatamente risalire la squadra in classifica. Nel corso della stagione il Trapani lotta con il Lecce per la promozione in Serie B. Dalla 27ª giornata è in testa alla classifica. Lo stop interno del 9 dicembre ad opera dell'AlbinoLeffe (16ª giornata) sarà il quarto e ultimo k.o. Da quel momento il Trapani inizia una serie di vittorie come quella del sorpasso sul Lecce proprio nella gara contro i salentini allo Stadio Via del Mare vinta per 2-1. Nella penultima giornata entrambe le squadre sono a pari punti, con il Trapani avanti per la differenza reti. Il 12 maggio 2013, vincendo nell'ultima giornata in trasferta contro la Cremonese per 4-3, e con la contemporanea sconfitta del Lecce contro l'AlbinoLeffe, il Trapani ottiene la sua prima promozione in Serie B. Il Trapani, con 60 reti, risulta il miglior attacco del campionato. Inoltre è l'unica squadra del panorama italiano ad aver sempre segnato fuori casa.[1] I due migliori realizzatori del girone A sono proprio due attaccanti trapanesi, Matteo Mancosu e Giovanni Abate, rispettivamente con 15 e 14 reti complessive. Avendo terminato il proprio girone da prima classificata disputa il 19 e il 23 maggio 2013 la Supercoppa di Lega Prima Divisione contro l'Avellino terminata col punteggio totale di 3-3 ma vinta dagli irpini in virtù della regola del gol fuori casa.
^Doppio colpo per il Martina Franca, su tuttolegapro.com, www.tuttolegapro.com. URL consultato il 5 agosto 2012 (archiviato dall'url originale il 24 luglio 2012).