La stagione della Serie C1 comincia il 3 settembre 2000 e si chiude il 17 giugno 2001, con la finale di ritorno dei play-off. Previste tre soste: il 12 novembre, il 31 dicembre e il 1º aprile. La 16ª e la 30ª giornata (rispettivamente il 23 dicembre e il 14 aprile) si giocheranno di sabato. Le semifinali d'andata dei play-off e dei play-out sono in programma il 27 maggio, quelle di ritorno il 3 giugno. Le finali dei play-off (andata e ritorno: è la prima volta) il 10 e 17 di giugno. Questi gli orari di inizio delle partite: dal 3 settembre alle 16:00, dal 1º ottobre alle 15:30, dal 29 ottobre alle 14:30, dall’11 febbraio alle 15:30 e dal 25 marzo alle 16:00. Le partite di play-off e play-out cominceranno alle 16:30.
Il girone A riscopre alcune decadute del calcio italiano: il Modena, che ritorna in B dopo 7 anni passati in C1 e rischiando addirittura la C2, e il Como che non vedeva la cadetteria da 6 anni e che vinse una finale play-off soffertissima contro il Livorno.
Da evidenziare che entrambe le squadre sono state al centro della cronaca per un fatto antisportivo: durante lo scontro tra lombardi e emiliani giocato al Sinigaglia di Como il 19 novembre 2000, Massimiliano Ferrigno, giocatore del Como, dopo essere stato espulso, negli spogliatoi sferra un pugno in faccia a Francesco Bertolotti del Modena (ironia della sorte, erano compagni qualche anno prima al Brescello) e lo manda in coma. Dopo questo episodio il calciatore siciliano fu squalificato per 3 anni, sino al 31 dicembre 2003, dalla disciplinare della Serie C e in tribunale ha patteggiato una pena di 10 mesi di reclusione, con la sospensione condizionale, per lesioni gravissime.
Per quanto riguarda la lotta salvezza, cade un'Alessandria sempre più in gravi difficoltà economiche, e dopo i play-out scese la favola Brescello che, solo un anno prima, aveva perso la finale play-off per la promozione in Serie B.
Tre punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
In caso di arrivo di due o più squadre a pari punti, la graduatoria verrà stilata secondo la classifica avulsa tra le squadre interessate che prevede, in ordine, i seguenti criteri:
Una formazione del Palermo, vincitore del girone B
Il girone B vede la promozione di due squadre siciliane: il Palermo, dopo aver compiuto una gran fuga solitaria in testa alla classifica per quasi tutto il torneo, e il Messina, che, nettamente promosso dalla Serie C2 alla C1 l'anno precedente, si classificò al secondo posto e vinse i play-off.
Il Messina fu artefice di una clamorosa rimonta nel finale del torneo riuscendo a raggiungere i corregionali del Palermo alla terzultima giornata, insediandosi in vetta alla classifica in virtù degli scontri diretti. Tuttavia i messinesi persero il primo posto e la promozione diretta perdendo all'ultima giornata in casa dell'Avellino già qualificato ai play-off, subendo il gol della sconfitta nel tempo di recupero dopo aver fallito un calcio di rigore al 90º minuto. Si qualificarono ai play-off, oltre al Messina secondo e all'Avellino quarto, il Catania con un terzo posto e l'Ascoli con un quinto posto: agli spareggi promozione i messinesi eliminarono l'Ascoli e, in una finale tutta siciliana, batterono i rivali catanesi, tornando in B dopo 9 anni.
Per la situazione della lotta di qualificazione ai play-off, il Savoia, retrocesso dalla Serie B, tentò di ripetersi come due annate prima, ma non riuscì minimamente nell'impresa del 5º piazzamento finale, l'ultimo valido per la disputa degli spareggi, mancato solo per via della peggior differenza reti nei confronti dei pari di categoria dell'Ascoli, pur andando in exploit ottenendo risultati utili di prestigio contro le successive promosse Palermo e Messina.
Lo stesso fu anche per la Torres, però per un punto, altra neopromossa dalla C2 alla C1.
In quanto alla lotta salvezza, furono tranquilli i piazzamenti di Castel di Sangro, L’Aquila, Fermana e Giulianova. Deludenti invece si rivelarono i campionati di Vis Pesaro (ultimo appena neopromosso dopo Messina e Torres) e Benevento, che evitarono i play-out per non retrocedere solo per classifica avulsa.
Retrocedette direttamente nel baratro della C2 la Fidelis Andria, con l'ultimo posto, mancando per pochissimo e sempre per differenza reti, la sua peggiore nei confronti dell'Atletico Catania, la possibilità di giocarsi gli spareggi salvezza. A fare lei compagnia si aggiunsero le retrocesse dopo i play-out Nocerina, battuta dalla Viterbese, e poi proprio Atletico Catania, battuto dalla Lodigiani.
La Nocerina tuttavia venne successivamente ripescata al posto del Savoia, che fu escluso solamente per delle irregolarità finanziarie nell'estate successiva dopo che vi era stato un passaggio di proprietà. Infine, in un altro caso, l'Atletico Catania, neoretrocedente, non si iscrisse alla C2 per lo stesso motivo delle inadempienze economiche. Campani e siciliani ripartirono dalle categorie dilettantistiche, rispettivamente dai campionati regionali di Eccellenza Campania e di Eccellenza Sicilia.
Tre punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
In caso di arrivo di due o più squadre a pari punti, la graduatoria verrà stilata secondo la classifica avulsa tra le squadre interessate che prevede, in ordine, i seguenti criteri:
↑Risultato deciso dal giudizio sportivo. La partita fu sospesa al minuto 81 sul punteggio di 1-0 in seguito ad incidenti e lancio di oggetti da parte dei tifosi pisani. Il risultato fu tramutato in 2-0.
↑Retrocesso per la peggior posizione in classifica generale.
12Recupero della partita prevista per il 14 aprile e rinviata per neve.
↑Recupero della partita sospesa dopo un'ora di gioco il 14 aprile per neve.
↑Passa il turno per la miglior posizione in classifica generale.
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