Reclutato nel secondo dopoguerra dalle forze armate degli Stati Uniti d'America al fine di organizzare una rete di spionaggio contro l'Unione Sovietica, fu a capo dei servizi d'informazione della Germania Ovest fino alla fine degli anni sessanta. La sua organizzazione, il Bundesnachrichtendienst (BND), era volta alla canalizzazione d'informazioni riguardanti le nazioni allora aderenti al Patto di Varsavia ad uso dell'intelligence della NATO. Al tempo stesso l'organizzazione svolgeva compiti d'infiltrazione nei paesi della cortina di ferro al fine di fomentare e sostenere movimenti di rivolta che opponessero il controllo Sovietico. La Gehlen lavorava in stretta collaborazione con la CIA. La BND forniva 'il personale' e la seconda i mezzi: fondi, macchinari, dotazioni, eccetera.
In una delle operazioni più fortunate, "Operation Sunrise", l'organizzazione riuscì ad infiltrare circa 5000 agenti anticomunisti di discendenza Est-europea nel blocco Sovietico. Gli agenti venivano a tal fine addestrati in un campo d'addestramento specifico chiamato Oberammergau. Altre azioni non furono di altrettanto successo per via della presenza di numerose 'talpe' all'interno dell'organizzazione e dei servizi segreti americani (CIA) ed inglesi (MI5), in particolare Harold "Kim" Philby.
L'organizzazione fu responsabile della scoperta del reparto segreto russo dello SMERSH e collaborò al Berlin Tunnel nella costruzione di un tunnel clandestino al di sotto del Muro di Berlino al fine di monitorare le comunicazioni tra Unione Sovietica e Germania Est.
Si suppone che all'interno dell'organizzazione lavorassero centinaia di ex criminali di guerranazisti e si sospetta abbia avuto un ruolo chiave nella fuga di molti appartenenti all'organizzazione nazista verso il Sud America alla fine della guerra fornendo documenti falsi e passaporti a uomini delle SS in fuga dalla Germania occupata dagli Alleati (vedi ODESSA).
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