Ottone, ancora principe ereditario, venne avviato alla carriera militare nel 1863. Quando Guglielmo I di Prussia venne proclamato imperatore tedesco il 18 gennaio 1871 alla reggia di Versailles, il principe Ottone venne chiamato a rappresentare suo fratello, il quale si era rifiutato di prendere parte alla cerimonia. Lo stesso Ottone, in accoglimento di questa linea politica, prese parte attivamente alle celebrazioni, ma criticò fortemente la celebrazione in una lettera al fratello re di Baviera, descrivendola come una pura ostentazione di ricchezza e potenza.
L'ostilità dei Wittelsbach nell'accogliere la carica di imperatore tedesco era data da tre motivi essenziali: il primo la fedeltà alla causa degli imperatori austriaci, i quali tradizionalmente detenevano la carica formale di re di Germania ed imperatore del Sacro Romano Impero. Il secondo motivo va invece ricercato nella religione, al quale si accorpa anche il terzo: gli Hohenzollern, infatti, oltre ad essere governanti di una nazione protestante (al contrario di Austria e Baviera che erano i baluardi del cattolicesimo in Germania), erano anche una nazione che sovente aveva messo in scacco la potenza dell'ormai decadente ruolo austriaco in Germania e, proprio al culmine di questi scontri, avevano ottenuto l'elevazione alla carica imperiale.
Ottone di Baviera come principe ereditario
Ottone divenne successivamente re di Baviera dopo la deposizione e la misteriosa morte del fratello nel 1886. Ad ogni modo Ottone non governò mai effettivamente come re, dal momento che durante tutta la propria vita mai aveva pensato un giorno di salire al trono bavarese. Inoltre, risentiva di problemi mentali e venne pertanto dichiarato insano di mente nel 1887. La causa della sua malattia non venne resa pubblica ed egli venne "esiliato" nel castello di Fürstenried, sotto supervisione medica, sino alla sua morte, anche se il titolo regale non gli venne mai revocato. Suo zio, Luitpold, prese le redini effettive del governo come reggente sino alla sua morte, sopraggiunta nel 1912, quando Ottone era ancora in vita. A tale carica gli succedette il figlio di Luitpold, Ludovico.
Vi furono varie pressioni politiche e sociali perché terminasse la reggenza e la Baviera potesse avere un re in grado di regnare. Dopo lunghi passaggi, al principio di novembre del 1913 si introdusse una modifica alla costituzione del regno, includendo la clausola per cui se la reggenza si protraeva oltre dieci anni, il reggente in carica poteva essere nominato monarca a tutti gli effetti. Tale emendamento ottenne 122 voti a favore contro 27 negativi alla camera, mentre solo 3 furono i voti negativi al senato. Il giorno successivo, il 5 novembre 1913, Ludovico annunciò la fine della reggenza e la destituzione di Ottone. Il governo riconobbe Ludovico re di Baviera col nome di Ludovico III il 6 novembre di quello stesso anno.
Ottone morì l'11 ottobre 1916 e le sue spoglie vennero sepolte nella cripta della Michaelskirche di Monaco di Baviera accanto a suo fratello Ludovico II. Secondo la tradizione bavarese, venne disposto che il cuore del re fosse posto in un'urna di vetro e portato nella Gnadenkapelle di Altötting, tra quelli del fratello e del nonno. Negli anni della sua vita, collezionò un primato rilevante: malgrado che gran parte del suo regno l'avesse passato ritirato dal mondo, lontano dagli ambienti di corte e dai problemi del paese, Ottone fu in assoluto il re di Baviera che regnò più a lungo.
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