Inserito nella Prva hrvatska nogometna liga, la massima divisione del campionato croato di calcio, nel 1992, il club ha da allora sempre militato nella divisione di vertice del calcio croato. In breve tempo divenne una delle squadre migliori della nazione, concludendo il campionato al terzo posto nel 1992 e ripetendo il risultato nel 1994-1995 e nel 1995-1996. Nel 1995-1996 giocò i preliminari di Coppa UEFA. Al terzo posto del 1997-1998 fece seguito il primo successo, la vittoria della Coppa di Croazia, nel 1998-1999.
Il risultato internazionale più importante dell'Osijek risale ai preliminari di UEFA Europa League 2017-2018, quando al terzo turno la squadra batté per 1-0 gli olandesi del PSV Eindhoven (stesso risultato all'andata ed in trasferta). Il club sfiorò poi la qualificazione al tabellone principale di quella competizione, venendo eliminato dagli austriaci dell'Austria Vienna nonostante un inutile successo in terra austriaco.
Dalla stagione 2016-17 è stata istituita la seconda squadra dell'Osijek conosciuta come Osijek II. Al pari delle seconde squadre della Dinamo Zagabria, Rijeka e Hajduk Spalato è stata in inserita in Terza Divisione e non può partecipare alla Coppa Nazionale né essere promossa nella stessa categoria della "Prima Squadra". È composta da giocatori fra i 18 e i 21 anni, nelle partite ufficiali possono giocare solo 5 "fuori quota".