La sua miglior posizione raggiunta nel ranking ATP singolare è stata il 39º posto, raggiunta il 4 marzo 2013. Nell'ATP Tour ha vinto un solo torneo, battendo Rafael Nadal 62-7, 7-66, 6-4 in quel di Vina del Mar, in Cile. Ha collezionato 5 tornei dell'ATP Challenger Tour. Il suo primo torneo vinto è stato il torneo del Seguros Bolívar Open Bucaramanga, vinto contro il colombiano Carlos Salamanca. Ha accumulato 4,673,858 dollari statunitensi. Per quanto riguarda il doppio ha ottenuto buoni risultati: ha vinto tredici titoli tra cui il BNP Paribas Open 2019 e la Rogers Cup 2019. In più, nel 2010, ha raggiunto la semifinale nel prestigioso US Open, con partner l'argentino Eduardo Schwank e nel 2013, in coppia con Pablo Cuevas ha raggiunto le semifinali al Roland Garros. Il 9 settembre 2019 ha raggiunto la posizione numero 3 di specialità, dopo aver giocato la sua prima finale slam agli US Open.
Inizia il 2010 con quattro sconfitte al primo turno. La prima ad Auckland contro il connazionale Juan Mónaco, poi all'Australian Open contro il tedesco Philipp Kohlschreiber, a Santiago del Cile contro Łukasz Kubot e infine al Brasil Open contro l'iberico Marcel Granollers. Invece nel doppio inizia molto bene: ad Auckland, insieme a Rogier Wassen batte la coppia più forte del mondo formata da Bob e Mike Bryan. Raggiunge poi gli ottavi all'Australian Open con partner Leonardo Mayer e la finale al Movistar Open insieme a Potito Starace. Nel singolo vince poi una partita contro l'ex campione dell'Open di FranciaGastón Gaudio e l'ex numero 1 Carlos Moyá, rispettivamente alla Copa Telmex, dove insieme a Sebastián Prieto vince il suo primo titolo del doppio contro Simon Greul e Peter Luczak. La settimana dopo partecipa all'Abierto Mexicano Telcel, un torneo che fa parte della categoria ATP World Tour 500 series, dove però incassa una sconfitta al primo turno contro Juan Mónaco. Viene poi nominato nel team per la partita di Coppa Davis contro la Svezia, dove gioca insieme a David Nalbandian nel doppio vincendo. Dopo una sconfitta al primo turno da parte di Ricardo Mello al BNP Paribas Open, Zeballos si rifà arrivando fino al terzo turno del Sony Ericsson Open di Miami, dove al secondo turno batte Gilles Simon, che a quel tempo era ventiquattresimo nel ranking mondiale. Viene poi eliminato al terzo turno dal futuro vincitore Tomáš Berdych. Il torneo seguente è quello di Houston, dove arriva in semifinale dopo aver battuto Taylor Dent, Dudi Sela e Fernando González. In semifinale viene poi eliminato dal vincitore Juan Ignacio Chela. Dopo Houston Zeballos inizia la sua tournée in Europa, viene eliminato al primo turno per mano di Tommy Robredo al Torneo di Montecarlo e di nuovo al primo turno al Barcelona Open dall'uruguaiano Pablo Cuevas. Si sposta poi a Belgrado per il Serbia Open, dove però viene eliminato al secondo turno dal serbo Filip Krajinović. Agli Internazionali BNL d'Italia ottiene una sconfitta al primo turno da John Isner, poi all'ARAG World Team Cup di Düsseldorf batte Filip Krajinovic; in seguito Zeballos vince contro l'americano Robby Ginepri permettendo all'Argentina di vincere il torneo. Al Roland Garros vince al primo turno contro Martin Fischer ma poi viene eliminato da Rafael Nadal. A Wimbledon perde al primo turno del singolare contro la rivelazione del torneo Lu Yen-Hsun, ma nel doppio arriva al secondo turno con Leonardo Mayer dopo aver eliminato Łukasz Kubot e Oliver Marach, le quinte teste di serie. Partecipa anche ai quarti di finale della Coppa Davis, dove vince il doppio con partner Eduardo Schwank e va in semifinale. Zeballos partecipa poi agli Atlanta Tennis Championships, dove passa direttamente al secondo turno perché, essendo quarta testa di serie, riceve un bye. Al secondo turno viene però battuto da Taylor Dent. Arriva al primo turno a Los Angeles ed a New Haven, mentre a Washington raggiunge il secondo turno. Agli US Open raggiunge il suo miglior risultato in carriera nel doppio in uno Grande Slam, raggiunge gli ottavi con Eduardo Schwank dove elimina la quarta testa di serie formata da Mahesh Bhupathi e Maks Mirny e poi il team formato da Horia Tecău e Robert Lindstedt. In semifinale finisce però la loro corsa perché vengono eliminati da Rohan Bopanna e Aisam-ul-Haq Qureshi. Partecipa alla semifinale di Coppa Davis contro la Francia dove però perde in doppio con Eduardo Schwank contro Michaël Llodra e Arnaud Clément. Di conseguenza l'Argentina viene eliminata. La Francia raggiungerà poi la finale dove verrà eliminata dalla Serbia di Novak Đoković. Un mese dopo partecipa al torneo di Mosca dove però ai quarti di finale viene eliminato dal serbo Janko Tipsarević. Dopo la sconfitta di San Pietroburgo, Zeballos ritorna all'ATP Challenger Tour, dove ottiene due quarti di finale e due sconfitte.
Horacio nel 2012 affronta per quanto riguarda l'ATP Tour i soliti tornei, cioè il Movistar Open di Santiago del Cile, dove viene battuto ancora una volta da Juan Ignacio Chela dopo aver battuto al primo turno Adrian Ungur per 6-0 7-5, la Copa Claro di Buenos Aires, in cui viene subito eliminato da Stanislas Wawrinka, il Men's Clay Court Championships di Houston uscendo al secondo turno per mano di John Isner. Risultati migliori arrivano nell'ATP Challenger Tour dove ottiene una finale a Barranquilla e i quarti a São Paulo, Bucaramanga, questi ultimi conditi dal successo nel torneo di doppio, e Salinas, prima di tornare al successo in singolare nella prima settimana di maggio a Praga nella cui finale sconfigge lo slovacco Martin Kližan per 1-6, 6-4, 7-66. Successivamente si iscrive come ottava di testa di serie al torneo di qualificazione dell'Open di Francia e, sconfiggendo Stéphane Robert, Peter Polansky e il tedesco Peter Gojowczyk, si guadagna l'accesso al tabellone principale in cui supera al primo turno la wild card Éric Prodon in quattro set prima di soccombere alla 31ª testa di serie Kevin Anderson. Sempre a Parigi nel doppio, insieme a Oliver Marach, batte la coppia composta da Michael Kohlmann e Alexander Waske, l'undicesima doppia del seeding Gonzalez/Kas e agli ottavi Michail Elgin e Denis Istomin, nei quarti riescono a portare al terzo set i fratelli Bryan, uscendo però sconfitti. Quindi salta Wimbledon, per partecipare a due challenger, nei quali ottiene due quarti di finale. Quindi Horacio partecipa allo Swedish Open 2012, dove al primo turno del singolare incontra João Souza, che lo sconfigge 6-4 6-2. Proprio il brasiliano è il suo partner nel torneo di doppio, nel quale al primo turno incontrano Simone Bolelli e Alessandro Giannessi, che sconfiggono 6-4 6-3. Al secondo turno incontrano Paul Hanley e Julian Knowle.
L'argentino inizia la stagione vincendo il torneo challenger di São Paulo battendo in finale il brasiliano Rogério Dutra da Silva in due set. All'Australian Open viene battuto al primo turno dall'italiano Andreas Seppi. Il 10 febbraio vince il suo primo torneo ATP della carriera battendo in finale il rientrante Rafael Nadal con il punteggio di 6-7, 7-6, 6-4.
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Argentina
VTR Open, Viña del Mar
Rafael Nadal
St. Petersburg Open, San Pietroburgo
Serhij Stachovs'kyj
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Guzzini Challenger, Recanati
Grega Žemlja
Seguros Bolívar Open Bucaramanga, Bucaramanga
Carlos Salamanca
Santiago González
Vincent Millot
MasterCard Tennis Cup, Campos do Jordão
Strabag Prague Open, Praga
Martin Kližan
Uruguay Open, Montevideo
Julian Reister
Lima Challenger, Lima
Thiemo De Bakker
Australian Open, Melbourne
Wimbledon, Londra
US Open, New York
Giochi Olimpici
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