Fondato il 21 agosto 1931,[2] dal 1952 il Famalicão gioca le proprie partite casalinghe allo stadio municipale 22 giugno, che ha una capienza di 5 307 posti[3]. Il periodo di maggior successo nella storia dei Famalicenses coincide con i primi anni 1990, in cui il club ha giocato per quattro stagioni in Primeira Liga, dal 1990-1991 al 1993-1994.
Il Futebol Clube de Famalicão fu fondato il 21 agosto 1931 da sei amici. La prima partita della squadra coincise con il primo match disputato, nel 1932, al Campo da Berberia, con avversario il Porto. La prima divisa era bianco-verde, ma fu modificata in bianco-blu per ottenere l'affiliazione con il Porto. Il Famalicão iniziò a competere nel 1932-1933 nel campionato di Promozione regionale, che vinse nella stagione d'esordio.
Il Famalicão tornò in massima serie solo nel 1978-1979 e di nuovo nel 1990-1991, annata a partire dalla quale giocò in prima serie per altri tre anni, fino al termine della stagione 1993-1994.
Con l'inizio del nuovo millennio, la squadra entrò in un periodo di crisi e retrocessioni, precipitando nel volgere di qualche anno nelle divisioni regionali. Il club, ritrovatosi nel girone regionale di Braga della quinta divisione nel 2008-2009, riuscì a tornare in Segunda Liga dopo 19 anni nel maggio 2015, vincendo il girone del Campeonato Nacional de Seniores e ottenendo così la promozione[4], anche se poi perse ai tiri di rigore la finale del 10 giugno contro il Mafra (dopo l'1-1 dei tempi regolamentari) allo stadio municipale da Marinha Grande[5].
All'inizio della stagione 2018-2019 il 51% delle quote societarie fu rilevato da Quantum Pacific Group, guidato dall'uomo d'affari israeliano Idan Ofer, possessore anche del 33% delle quote dell'Atlético de Madrid[6]. Il 28 aprile 2019 la squadra ha ottenuto, per la prima volta dopo 25 anni, la promozione in Primeira Liga assicurandosi il secondo posto in seconda divisione[7]
L'11 settembre 2019 Quantum Pacific Group ha acquisito l'85% delle quote societarie[8]
Nel 2019-2020 la squadra inizia il campionato con 6 vittorie e un pareggio nelle prime 7 giornate, issandosi in testa alla classifica con 19 punti; al termine della stagione si è piazzata al 6º posto.