Il club è stato fondato nel 1991 con il nome Azotas. Al termine della stagione 1991-1992 vinse il suo girone in 2 Lyga e venne promosso in 1 Lyga, la seconda serie del campionato lituano[1]. Dopo aver prima cambiato denominazione in Achema-Lietava Jonava, nel 1996 ha cambiato nuovamente denominazione in Lietava Jonava. Ha passato 24 stagioni consecutive nella 1 Lyga, mancando la promozione in due occasioni (stagioni 1992-1993 e 1998-1999) per aver perso lo spareggio promozione/retrocessione. Ha vinto il campionato di 1 Lyga nel 2015 ed è stato promosso per la prima volta in A Lyga, la massima serie del campionato lituano[2]. Concluse al sesto posto finale nella stagione di esordio in A Lyga. Prima dell'inizio della stagione 2017 cambiò denominazione in Jonava[3]. Chiuse il campionato di A Lyga 2017 al quarto posto, migliorando la prestazione dell'anno precedente[3].
La A Lyga 2018, invece, si conclude nel peggiore dei modi, con l’ultimo posto e la conseguente retrocessione in 1 Lyga.
Blu, bianco
Lituania
