Nell'aprile 1939, al comando della 70ª Compagnia del battaglione "Gemona",[2]sbarcò in Albania ed il 1º gennaio 1940, benché ancora tenente, venne chiamato a ricoprire l'incarico di Aiutante maggiore in prima dell'8º Reggimento alpini mobilitato.[3]
A partire dal 28 ottobre dello stesso anno prese parte alle operazioni belliche sul fronte greco-albanese al comando della compagnia d'assalto della "Julia";[2] Compagnia "speciale" formata di elementi volontari scelti da lui stesso.[3] Gravemente ferito ad una gamba nel secondo giorno di guerra rimpatriò nel novembre.[3]
Dopo una lunga degenza presso l'Istituto Rizzoli di Bologna,[2] riprese servizio presso il deposito dell'8º Reggimento alpini.[3]
Promosso capitano con decorrenza dal 1º marzo 1941, il 7 agosto 1942 partì per la Russia al comando della 12ª Compagnia del Battaglione "Tolmezzo" ed il 1º novembre venne nuovamente nominato aiutante maggiore dell'8º Reggimento alpini.[3]
Durante le marce di ripiegamento dal Don seguite all'Operazione Piccolo Saturno con cui i sovietici sfondarono il fronte italo-tedesco, egli cadde, combattendo, in mano nemica il 22 gennaio 1943 presso Novo Georgewka con i pochi superstiti del suo reggimento.[3]
Non piegandosi di fronte alle minacce e alle sevizie, mantenne un contegno fierissimo e per questo nel 1950 venne condannato da un tribunale militare sovietico a 15 anni di lavori forzati.[4]
Dopo aver sopportato 11 lunghi anni di persecuzioni e campi di punizione, rimpatriò nel febbraio 1954.[4]
Promosso maggiore per meriti di guerra, con anzianità 28 dicembre 1942, poco dopo divenne tenente colonnello con anzianità 1º gennaio 1955, e rientrò nei ranghi della nuova Brigata alpina "Julia", ove ebbe il comando dapprima del Battaglione "Feltre" e poi del battaglione "Gemona" da lui stesso ricostituito.[4]
«Magnifica figura di ufficiale e di combattente, già ripetutamente distintosi per l'incrollabile fede e l'eccezionale sprezzo del pericolo, specie in una difficile e delicata operazione di guerra precedente alla cattura. Durante la lunga prigionia sfidava a viso aperto minacce e sevizie, punizioni e condanne, tenendo alto e immacolato il nome di soldato e di italiano. Impavido nell'affrontare mortali sofferenze, tenace nel sopportarle, indomabile contro la persecuzione del nemico e l'avverso destino, dava prova di elevate virtù militari ed esempio sublime di incorruttibile onestà, di onore adamantino. Per il suo dignitoso contegno di assoluta intransigenza con le leggi del dovere guadagnò il martirio dei lavori forzati. Dimostrò così che si può anche essere vinti materialmente e restare imbattuti, anzi vittoriosi, nel campo dell'onore. Guerra di Russia 1942 – 1954.[5]» — Decreto Presidenziale del 9 febbraio 1956[6]
«Magnifica figura di ufficiale, di fiero e eroico combattente, durante lunga prigionia sfidava a viso aperto minacce e sevizie, punizioni e condanne, tenendo alto e immacolato il nome di soldato e di italiano. Impavido nell'affrontare mortali sofferenze, tenace nel sopportarle, indomabile contro la persecuzione del nemico e l'avverso destino, dava prova di elevate virtù militari ed esempio sublime di incorruttibile onestà, di onore adamantino. Per il suo dignitoso contegno di assoluta intransigenza con le leggi del dovere guadagnò il martirio dei lavori forzati. Dimostrò così che si può anche essere vinti materialmente e restare imbattuti, anzi vittoriosi, nel campo dell'onore. Prigionia in Russia, 1942-1950.» — Decreto Presidenziale del 5 agosto 1951[7]
«Comandante di plotone mitraglieri di rinforzo a compagnia impegnata in aspro combattimento, attraversava reiteratamente vasta zona di terreno scoperta e battuta per dirigere l'azione efficace delle proprie armi, infondendo col suo esempio animatore, calma e serenità, otteneva dal reparto il massimo rendimento partecipando col lancio di bombe al travolgente, conclusivo, vittorioso assalto della compagnia fucilieri. Già distintosi in precedente combattimento. Sella di Gurè, 5 marzo 1937.»
«In due giorni di aspri combattimenti riforniva i reparti in linea di munizioni, viveri e acqua facilitando il proseguire della lotta e validamente cooperando alla vittoria sul nemico. Esempio di sana iniziativa, fermezza e sprezzo del pericolo. Cianagobò, 16-17 aprile 1936.»
«Aiutante maggiore in prima di reggimento alpino, nel corso di duri e sanguinosi combattimenti contro soverchianti forze, si recava più volte, attraversando zone fortemente battute da artiglierie, mortai e mitragliatrici nemici, presso i reparti in linea per integrare gli ordini del comandante il settore. Profilatasi la minaccia di un aggiramento di tutto il settore difensivo, a seguito dell'occupazione di una importante quota da parte dell'avversario, riceveva l'incarico di portarsi presso un battaglione per l'immediata azione di contrattacco. Giunto sul posto e resosi conto che la situazione era ben più grave di quanto precedentemente giudicata, provvedeva d'iniziativa, con raro intuito tattico, ad impartire a due battaglioni adeguati e precisi ordini che consentivano di rioccupare la posizione. Combattente ardito e altamente capace. Fronte russo, 17-28 dicembre 1942.» — Decreto Presidenziale 29 novembre 1954[8]
^L'allora Capo di stato maggiore dell’Esercito, generale Giuseppe Aloia redasse un apposito Ordine del Giorno all'Esercito che diceva: Con profondo cordoglio partecipo l’improvvisa scomparsa della Medaglia d’Oro Generale di Brigata Francesco Magnani. Con Lui, l’Esercito perde una eroica figura di Combattente, il Suo valore rifulse su molti campi di battaglia, dalle torride sabbie libiche alle ambe dell’Africa Orientale e alle impervie giogaie greco-albanesi, per assurgere ad epico eroismo nella campagna di Russia. Durante il duro travaglio di una lunga prigionia, fu esempio di incrollabile fede e di indominabile dignità. L’Esercito inchina le sue Bandiere nell’estremo saluto alla Medaglia d’Oro Generale Francesco Magnani, che addita al esempio alle nuove generazioni. Roma, 2 marzo 1965.
Giuseppe Barba, Franco Magnani un soldato tra due epoche, Varese, Arterigere, 1993.
Andrea Bianchi e Mariolina Cattaneo, I quaderni dell'Associazione Nazionale Alpini. Il Labaro, Associazione Nazionale Alpini, 2011, ISBN978-88-902153-1-5.
Gruppo Medaglie d'Oro al Valor Militare, Le Medaglie d'Oro al Valor Militare Vol.2 (1949-1952), Roma, Tipografia Regionale, 1965.