La gara in linea femminile Junior dei Campionati del mondo di ciclismo su strada 2016 si svolse il 14 ottobre 2016 con partenza ed arrivo a Doha, in Qatar, su un percorso totale di 74,5 km. L'italiana Elisa Balsamo vinse la gara con il tempo di 1h53'04" alla media di 39,534 km/h, argento alla statunitense Skylar Schneider e a completare il podio la norvegese Susanne Andersen.
Presenti alla partenza 81 cicliste, di cui 74 arrivarono al traguardo.