La compagine calcistica fu fondata dall'unione degli studenti dell'università di Coimbra - la Associação Académica de Coimbra - durante un periodo di cambiamento del calcio portoghese, tra gli anni settanta e ottanta, quando il calcio in Portogallo fu reso professionistico. La fondazione del club come associazione sportiva dilettantistica risale, tuttavia, già al 1887, quindi si tratta a tutti gli effetti di uno dei primi sodalizi sportivi nati in Portogallo. Per tale motivo la società è stata ammessa nel 2017 al Club of Pioneers, associazione che raccoglie i sodalizi calcistici più antichi di ogni nazione.[1] Insieme ad altre squadre si contende il quarto posto per numero di tifosi dopo Benfica, Sporting Lisbona e Porto. L'Académica è il club storicamente legato alla vita universitaria, caratteristica che ha reso tifosi della squadra di Coimbra molti studenti provenienti da varie parti del Portogallo.
Nel 1939 la sezione calcistica dell'A. Académica de Coimbra divenne la prima vincitrice della Coppa di Portogallo. L'Associação Académica de Coimbra, l'istituzione madre dell'organizzazione calcistica autonoma e professionistica detta A.A.C. - O.A.F., compete in numerose discipline sportive sotto il medesimo logo AAC e usando le stesse divise di colore nero. Si tratta di uno dei club sportivi portoghesi con più atleti. L'Associação Académica de Coimbra - O.A.F. ha anche una sezione futsal, l'Associação Académica de Coimbra - O.A.F. (futsal). La stagione 2011-2012 vede l'Academica salvarsi grazie a un discreto 13º posto. La squadra di Coimbra però stupisce in Coppa dove diviene campione il 21 maggio 2012 sullo Sporting Lisbona dopo aver trionfato 3-0 sul Porto al quarto turno. Quindi accede alla fase a gironi dell'Europa League 2012-2013.