Alla fine della prima guerra mondiale si occupò prima dell'insegnamento in accademia, poi riprese il comando attivo in Marocco per la soppressione di una rivolta. Insegnò tattica col grado di colonnello; divenne capo di Stato Maggiore Generale allorché torno in colonia e generale dell'armataafricana nel 1938.
Durante l'attacco tedesco alla Francia nel 1940 era al comando della 15ª Divisione di fanteria motorizzata a Dunkerque. Fu fatto prigioniero dai tedeschi e rilasciato grazie all'intervento di Philippe Pétain presso il comando germanico con cui la Francia di Vichy collaborava.
Nel 1965, l'Associazione Nazionale Vittime Civili di Guerra pubblicò il testo di un presunto volantino in francese e in arabo, secondo il quale sarebbe stato lo stesso Juin ad istigare le truppe coloniali francesi alle turpi azioni: "...oltre quei monti, oltre quei nemici che stanotte ucciderete, c’è una terra larga e ricca di donne, di vino, di case. Se voi riuscirete a passare oltre quella linea senza lasciare vivo un solo nemico, il vostro generale vi promette, vi giura, vi proclama che quelle donne, quelle case, quel vino, tutto quello che troverete sarà vostro, a vostro piacimento e volontà. Per 50 ore. E potrete avere tutto, fare tutto, prendere tutto, distruggere e portare via, se avrete vinto, se ve lo sarete meritato. Il vostro generale manterrà la promessa, se voi obbedirete per l’ultima volta fino alla vittoria...". Di tale presunto volantino non è mai stato ritrovato l'originale, tanto che il Senato italiano non lo citò all'interno del progetto di legge del 1996 che intendeva riconoscere pubblicamente le sofferenze della popolazione a causa della marocchinate. Cionondimeno, ripresa dall'estrema destra italiana, l'idea delle cinquanta ore di carta bianca garantite da Juin si è fortemente impressa nell'immaginario collettivo[3].
Il generale Juin dopo la guerra divenne capo di Stato Maggiore della Difesa nazionale e dal 1951 fu comandante per il centro Europa della NATO. Alphonse Juin, malgrado non parteggiasse per Charles de Gaulle, non sostenne il colpo di Stato dei generali.
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Armée de terre
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ANVM, IL FALCO E IL GABBIANO. Enrico Ruggeri ricostruisce l’orrore delle marocchinate.. URL consultato il 24 aprile 2022.
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