Nel 1851 Niel divenne membro del Comitato per le fortificazioni, nel 1852 entrò nel Consiglio di Stato e nel 1853 divenne generale di divisione.
Nella prima parte della guerra di Crimea Niel fu impegnato sul mar Baltico, nella direzione del genio durante le operazioni contro la fortezza di Bomarsund. All'inizio del 1855 fu inviato in Crimea, dove succedette al generale Bizot a capo del corpo del genio.
Per alcuni anni fu il più influente consigliere militare di Napoleone III, e nell'occasione fu investito dei poteri per guidare i generali in loco secondo i voleri dell'imperatore e del governo.
Dopo aver servito anche per alcuni anni in un comando di guarnigione, divenne ministro della guerra succedendo a Jacques Louis Randon, e tenne tale incarico dal 1867 al 1869. In tale veste concepì ed avviò un ampio schema di riforma dell'esercito, basato sulla coscrizione generalizzata e la creazione di vaste riserve.
Non visse però abbastanza per vedere completata la sua opera di riorganizzazione: morì a Parigi un anno prima della guerra franco-prussiana, che avrebbe distrutto il vecchio esercito imperiale su cui la creatura di Niel si doveva innestare.
D'azzurro, al nido d'argento sormontante una lettera L d'oro (Il blasone è uno stemma parlante in quanto in francese la parola nido si traduce con "nid" che sommato alla "L" sottostante per crasi da "Niel").
A Muret si trova una statua del maresciallo Niel. A Tolosa, il Palais Niel, la caserma Niel e la via maresciallo Niel. A Parigi, nel 17° arrondissement si trova l'Avenue Niel. Anche la città di Clermont-Ferrand, ha dedicato una via al maresciallo Niel.
Regno di Francia
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