Varianti del SARS-CoV-2: differenze tra le versioni

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La diffusione del '''SARS-CoV-2''' in tutto il globo, ha portato con il passare del tempo delle mutazioni e conseguentemente delle varianti della sequenza ''WIV04/2019'', ovvero quella che è nota come la ''sequenza zero/originale'' che ha dato origine alla [[COVID-19]].<ref>{{Cita web|url=https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/item/CRBIOL_0__0_0_A1_0/|titolo="Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2"|data=24 novembre 2020|accesso=9 febbraio 2021|lingua=en}}</ref>
La diffusione del '''SARS-CoV-2''' in tutto il globo, ha portato con il passare del tempo delle mutazioni e conseguentemente delle varianti della sequenza ''WIV04/2019'', ovvero quella che è nota come la ''sequenza zero/originale'' che ha dato origine alla [[COVID-19]].<ref>{{Cita web|url=https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/item/CRBIOL_0__0_0_A1_0/|titolo="Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2"|data=24 novembre 2020|accesso=9 febbraio 2021|lingua=en}}</ref>

== Panoramica ==
Esistono diverse varianti di SARS-CoV-2.<ref name="pango-lineages">{{Cita web|url=https://cov-lineages.org/lineages.html |titolo=Lineage descriptions|accesso=16 aprile 2021|lingua=en}}</ref> La tabella seguente presenta le informazioni e il livello di rischio per le varianti con rischio elevato o possibilmente elevato attuale.<ref name="cdc-variants">{{Cita web |url=https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/cases-updates/variant-surveillance/variant-info.html |titolo=SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions|accesso=16 aprile 2021|lingua=en}}</ref><ref>{{Cita web|url=https://cov-lineages.org/global_report.html|titolo=Global Report Investigating Novel Coronavirus Haplotypes|accesso=16 aprile 2021|lingua=en}}</ref><ref name="aci-variants">{{cita web|url=https://aci.health.nsw.gov.au/covid-19/critical-intelligence-unit/sars-cov-2-variants |titolo=Living Evidence - SARS-CoV-2 variants|accesso=16 aprile 2021|lingua=en}}</ref>

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![[Public Health England|PHE]]<ref group="A">Il formato dei nomi è stato aggiornato a marzo 2021, cambiando l'anno da 4 a 2 cifre e il mese da 2 cifre a un'abbreviazione di 3 lettere. Ad esempio, ''VOC 202101/02'' diviene ''VOC21JAN/02''</ref>
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![[Numero di riproduzione di base|Trasmissibilità]]
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== Varianti ==
== Varianti ==

Versione delle 19:42, 16 apr 2021

1leftarrow blue.svg Voce principale: SARS-CoV-2.
Nuvola apps important.svg Le informazioni riportate non sono consigli medici e potrebbero non essere accurate. I contenuti hanno solo fine illustrativo e non sostituiscono il parere medico: leggi le avvertenze.
Mutazioni positive, negative e neutre durante l'evoluzione dei coronavirus come SARS-CoV-2.

La diffusione del SARS-CoV-2 in tutto il globo, ha portato con il passare del tempo delle mutazioni e conseguentemente delle varianti della sequenza WIV04/2019, ovvero quella che è nota come la sequenza zero/originale che ha dato origine alla COVID-19.[1]

Panoramica

Esistono diverse varianti di SARS-CoV-2.[2] La tabella seguente presenta le informazioni e il livello di rischio per le varianti con rischio elevato o possibilmente elevato attuale.[3][4][5]

Primo rilevamento Etimologia Mutazioni notevoli Cambiamenti clinici Diffusione[2]
Luogo d'origine Data Pango[2] Nextstrain[6][3] PHE[A 1] Altri nomi Trasmissibilità Virulenza Antigenicità
Regno Unito Regno Unito 20 dicembre 2020[2] B.1.1.7 20I/501Y.V1 VOC-20DEC-01 N501Y, 69–70del, P681H[7] ≈74% in più[8] ≈64% più letale[9] Nessun cambiamento Globale
Nigeria Nigeria marzo 2020[10] B.1.1.207 P681H[7] Nessun cambiamento[11] Nessun cambiamento[11] Internazionale
Stati Uniti Stati Uniti giugno 2020[12] B.1.429, B.1.427[5] 20C/S:452R CAL.20C I4205V, D1183Y, S13I, W152C, L452R ≈20% (18.6%–24.2%) più alto[3][13] sotto investigazione Riduzione da moderata a grave della neutralizzazione[14] Internazionale
Danimarca Danimarca settembre 2020[15] Cluster 5, ΔFVI-spike[16] Y453F, 69–70deltaHV[16] Sensibilità moderatamente ridotta agli anticorpi neutralizzanti[17] Estinto
Sudafrica Sudafrica ottobre 2020[7] B.1.351 20H/501Y.V2 VOC-20DEC-02 501Y.V2[18] N501Y, K417N, E484K[7] ≈50% (20–113%) più alto[18] Nessun cambiamento[11] Significativa riduzione della neutralizzazione da parte degli anticorpi[19] Globale
Giappone Giappone
Brasile Brasile
dicembre 2020 P.1 20J/501Y.V3 VOC-21JAN-02 B.1.1.28.1[20][5] N501Y, E484K, K417T[21] ≈152% (127 -178% ) in più [22] ≈45% più letale[23] Riduzione complessiva della neutralizzazione effettiva[18] Globale
Regno Unito Regno Unito
Nigeria Nigeria
dicembre 2020[24] B.1.525 20C[3] VUI-21FEB-03 UK1188 E484K, F888L sotto investigazione sotto investigazione Possibile riduzione dei vaccini[3] Globale

Varianti

VOC-202012/01

Magnifying glass icon mgx2.svg Lo stesso argomento in dettaglio: VOC-202012/01.
Stati con casi confermati della variante VOC-202012/01 al 23 gennaio 2021

     100 - 999 casi confermati

     50 - 99 casi confermati

     10 – 49 casi confermati

     5 - 9 casi confermati

     2 - 4 casi confermati

     1 caso confermato

     Stato con casi confermati, ma di cui non si hanno cifre precise

     Casi sospetti

     Nessun caso o nessun dato

Rilevato per la prima volta nell'ottobre 2020 durante la pandemia di COVID-19 nel Regno Unito da un campione prelevato il mese precedente,[25] rispetto al virus che era stato isolato originariamente a Wuhan, la variante britannica contiene ben 17 differenze, cosa che la rende particolarmente differente dalle altre varianti, che di norma si differenziano dal ceppo originale cinese per 2-3 differenze totali.[26]

Fra le principali differenze ci sono l'aumento delle segnalazioni di tosse dal 27% al 35% e l'elencazione di nuovi sintomi quali: affaticamento, dolori muscolari e mal di gola;[27][28] mentre a livello genetico si segnalano l’eliminazione di un particolare aminoacido in due punti del DNA e la sostituzione di un aminoacido nei confronti di un altro nelle zone N501Y, A570D, P681H, D614G, T716I, S982A, D1118H.[26]

È stimata essere del 30%-70%[29] più trasmissibile e letale della SARS-CoV-2 normale ed legato a un aumento significativo delle infezioni da SARS-CoV-2 nel paese.

VOC-202012/01

Magnifying glass icon mgx2.svg Lo stesso argomento in dettaglio: VOC-202102/02.

Rilevato per la prima volta il 4 marzo 2021 nello stato dell'Oregon, è una variante del VOC-202012/01 nata spontaneamente e non importata,[30][31] che si distingue dall'originale versione inglese per un'ulteriore mutazione dell'E484K, dalla quale viene il nome 'B.1.1.7 con mutazioni E484K dato dal Public Health England.[32]

501.V2

Magnifying glass icon mgx2.svg Lo stesso argomento in dettaglio: 501.V2.
Stati con casi confermati della variante 501.V2 al 29 gennaio 2021

     100 - 999 casi confermati

     50 - 99 casi confermati

     10 – 49 casi confermati

     5 - 9 casi confermati

     2 - 4 casi confermati

     1 caso confermato

     Stato con casi confermati, ma di cui non si hanno cifre precise

     Casi sospetti

     Nessun caso o nessun dato

Rilevata per la prima volta in Sudafrica, il 18 dicembre 2020, de medici del dipartimento sanitario sudafricano,[33] la variante, chiamata 501.V2,[34] è stata sequenziata da dei ricercatori e funzionari che hanno scoperto che la prevalenza della variante era più alta tra i giovani senza condizioni di salute sottostanti e che, rispetto ad altre varianti, provocava una malattia maggiormente grave.[35][36]

Mentre a livello biologico, gli scienziati hanno notato che la variante contiene diverse mutazioni che le consentono di legarsi più facilmente alle cellule umane a causa di tre mutazioni nel dominio di legame del recettore (RBD) nella glicoproteina spike del virus: N501Y,[37] K417N e E484.

Lineage B.1.1.207

Magnifying glass icon mgx2.svg Lo stesso argomento in dettaglio: Lineage B.1.1.207.

Rilevata per la prima volta nel dicembre 2020 in Nigeria[38][39] e resa nota al pubblico dal direttore dell'African Centre of Excellence for Genomics of Infectious Diseases, John Nkengasong che una variante di SARS-CoV-2 di cui si sono state trovato tracce, chiamata Lineage B.1.1.207, era stata rintracciata nel paese.[40]

La variante è stata sequenziata per la prima volta dallo stesso African Centre of Excellence for Genomics of Infectious Diseases, che ha trovato in essa una mutazione P681H, condivisa con la variante britannica e rappresenta circa l'1% dei genomi virali sequenziati durante la pandemia di COVID-19 in Nigeria,[39] con la possibilità di aumentare di pericolosità come dichiarato dal Centers for Disease Control and Prevention.[41]

Cluster 5

Magnifying glass icon mgx2.svg Lo stesso argomento in dettaglio: Cluster 5.

Rilevata per la prima volta il 2 novembre 2020, dal Statens Serum Institut. È stata resa nota al pubblico con il nome di Cluster 5[42] il 4 novembre seguente dalla prima ministra danese Mette Frederiksen che l'ha definita come una nuova variante di SARS-CoV-2 che veniva trasmessa agli esseri umani attraverso i visoni e principalmente a quelli degli allevamenti nello Jutland Settentrionale. Il 5 novembre a seguito della rivelazione da parte della SSI di 12 infezioni umane causate dalla variante (8 direttamente associate ad allevamenti di visoni) e della potenziale riduzione dell'efficacia dei vaccini per il COVID-19,[43][44] la stessa prima ministra ha annunciato l'abbattimento dell'intera popolazione danese di visoni (circa 17 milioni di esemplari)[45][46] e l'inizio di un lockdown nazionale.[47]

Lineage P.1

Magnifying glass icon mgx2.svg Lo stesso argomento in dettaglio: Lineage P.1.
Stati con casi confermati di Lineage P.1 aggiornati all'11 febbraio 2021.[48]
Legend:

     Trasmissione locale

     Trasmissione importata

     Metodo di trasmissione sconosciuta

Rilevata per la prima volta a Tokyo, il 6 gennaio 2021, dal National Institute of Infectious Diseases. La nuova variante, chiamata Lineage P.1, è stata identificata in quattro persone arrivate a Tokyo con un aereo proveniente dallo stato brasiliano di Amazonas il 2 gennaio.[49]

Presente in Brasile sin dal dicembre 2020, essa ha un totale di 17 mutazioni nel dominio di legame del recettore nella glicoproteina spike del virus: N501Y, E484K e K41YT, che causano:[50]

  • elevata capacità di infezione;
  • resistenza al plasma iperimmune;
  • inefficacia di alcuni anticorpi monoclonali.

Lineage B.1.429/CAL.20C

Magnifying glass icon mgx2.svg Lo stesso argomento in dettaglio: Lineage B.1.429.

Rilevato per la prima volta nel luglio 2020 da dei ricercatori del Cedars-Sinai Medical Center, in uno dei 1 230 campioni di virus raccolti nella contea di Los Angeles dall'inizio della pandemia di COVID-19,[51] il Lineage B.1.429 o CAL.20C è definito da cinque mutazioni distinte (I4205V e D1183Y nel gene ORF1ab e S13I, W152C, L452R nel gene S delle proteine spike),[52] di cui il gene L452R (precedentemente anche rilevato in altri lignaggi non imparentati).[53][54] Considerato tra quelli più probabilmente trasmissibili, per un periodo non venne più rilevato fino a quando nel settembre 2020 è riapparso tra i campioni in California, ma con i numeri di casi molto bassi fino a novembre,[55] infatti nel novembre 2020, la variante rappresentava il 36% dei campioni raccolti presso il Cedars-Sinai Medical Center; mentre nel gennaio 2021 rappresentava il 50% dei campioni.[54] Successivamente tramite una comunicato stampa congiunto da parte di USCF, California Department of Public Health e Santa Clara County Public Health Department è stato annunciato la diffusione della variante in altri stati statunitensi,[56] seguiti successivamente da alcuni casi in America del Nord, in Europa, in Asia e in Australia.

Altri progetti

Voci correlate

Note

  1. ^ (EN) "Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2", su comptes-rendus.academie-sciences.fr, 24 novembre 2020. URL consultato il 9 febbraio 2021.
  2. ^ a b c d (EN) Lineage descriptions, su cov-lineages.org. URL consultato il 16 aprile 2021.
  3. ^ a b c d e (EN) SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions, su cdc.gov. URL consultato il 16 aprile 2021.
  4. ^ (EN) Global Report Investigating Novel Coronavirus Haplotypes, su cov-lineages.org. URL consultato il 16 aprile 2021.
  5. ^ a b c (EN) Living Evidence - SARS-CoV-2 variants, su aci.health.nsw.gov.au. URL consultato il 16 aprile 2021.
  6. ^ (EN) nextstrain.org, https://nextstrain.org/. URL consultato il 16 aprile 2021.
  7. ^ a b c d Chand et al., Potential impact of spike variant N501Y, 2020, pp. 6.
  8. ^ Volz E, Mishra S, Chand M e Barrett JC, Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: Insights from linking epidemiological and genetic data, 4 gennaio 2021.
  9. ^ Challen R, Brooks-Pollock E, Read JM, Dyson L, Tsaneva-Atanasova K e Danon L, Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study, in BMJ, vol. 372, marzo 2021, pp. 579, DOI:10.1136/bmj.n579, PMID 33687922, 579.
  10. ^ Lineage B.1.1.207, su cov-lineages.org, 11 marzo 2021.
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