Swiss-Prot

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Swiss-Prot è una banca dati biologica contenente sequenze proteiche. Swiss-Prot è stata creata nel 1986 da Amos Bairoch nel corso del suo PhD e sviluppata dallo Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) e dallo European Bioinformatics Institute (EBI). L'obiettivo di Swiss-Prot è quello di fornire sequenze proteiche affidabili corredate di un buon numero di informazioni addizionali, come la funzione della proteina, i suoi domini funzionali, le modificazioni post-traduzionali ed eventuali varianti, una ridondanza minima ed un alto livello di integrazione con le altre banche dati bioinformatiche.

Swiss-Prot e UniProt[modifica | modifica sorgente]

Nel 2002 è stato creato il consorzio UniProt. Si tratta di una collaborazione tra il SIB, l'EBI ed il Protein Information Resource (PIR), creato dai National Institutes of Health. UniProt è nato dunque dalla fusione tra Swiss-Prot, il suo supplemento TrEMBL ed il database della PIR. UniProt è attualmente la banca dati contenente il maggior numero di informazioni riguardanti proteine[1].

Il consorzio UniProt ha prodotto tre tipi diversi di banca dati, ognuna ottimizzata a seconda dell'uso richiesto. La UniProt Knowledgebase (UniProtKB) è costituita dall'unione di Swiss-Prot e TrEMBL. La UniProt Non-redundant Reference (UniRef) è in grado di combinare sequenze tra loro strettamente correlate in una singola entry, per velocizzare la ricerca. La UniProt Archive (UniParc) è un database completo delle sequenze proteiche, che riflette la storia di tutte le sequenze proteiche.

Note[modifica | modifica sorgente]

  1. ^ La versione 57.13 di UniProt (19 gennaio 2010) contiene 514,212 entries

Bibliografia[modifica | modifica sorgente]

  • Bairoch A. Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times! Bioinformatics 2000;16:48-64. PDF. A historical account by Bairoch.
  • The UniProt Consortium The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010 [1] Nucl. Acids Res. 38: D142-D148 PDF.

Collegamenti esterni[modifica | modifica sorgente]