Polimorfismo di conformazione del singolo filamento

Un polimorfismo di conformazione del singolo filamento, noto anche come SSCP (dall'inglese single-strand conformation polymorphism o single-strand chain polymorphism) è definito come la differenza di conformazione tra due sequenze nucleotidiche di identica lunghezza dovuta a differenze nella composizione delle sequenze stesse. Questa qualità permette di separare e distinguere le sequenze attraverso un'elettroforesi su gel.

Gel su cui sono state caricate sequenze caratterizzate da single-strand conformation polymorphism

Principio di funzionamento

Una mutazione puntiforme (i.e. la variazione di un singolo nucleotide) in una sequenza di DNA a doppio filamento non può essere distinta per elettroforesi, poiché le sue proprietà fisiche sono pressoché uguali per entrambi gli alleli. Dopo la denaturazione il DNA a singolo filamento (ssDNA), ripiegandosi nelle tre dimensioni, assume una conformazione sequenza-specifica. La differenza tra le forme dei due ssDNA (selvatico e mutato) contribuisce a differenziarne la distanza di migrazione su gel durante una corsa elettroforetica, nonostante la lunghezza sia identica.

Applicazioni in biologia molecolare

L'analisi dei SSCP era in passato usato come metodo per individuare nuovi polimorfismi senza la necessità di ricorrere a DNA sequencing, ma con il miglioramento in termini di efficienza ed accuratezza dei metodi di sequenziamento non viene più adoperato a tale scopo. Oggigiorno, gli SSCP sono utilizzati come marcatori diagnostici in biologia molecolare per individuare rapidamente le frequenze alleliche.

L'analisi dei SSCP è altresì ampiamente utilizzata in virologia per discriminare la variabilità genetica tra diversi ceppi virali, con l'idea che precise particelle virali presenti in entrambi i ceppi saranno diverse a causa di mutazioni e dunque differenziabili in base a questo metodo.