Metagenomica
La metagenomica è un approccio basato sull'utilizzo di tecniche genomiche moderne per lo studio di comunità microbiche direttamente nel loro ambiente naturale, evitando così il problema del prelevamento e coltivazione in laboratorio.
Si basa sul sequenziamento del genoma di microrganismi di uno stesso luogo, la cui analisi effettuata nel proprio habitat naturale viene definita metagenoma. La maggior parte di questi organismi sono di difficile coltivazione a causa delle loro particolari esigenze (temperature elevatissime, pressioni pari a quella dei fondali oceanici, concentrazioni saline alte, ecc. Non potendo coltivare queste forme di vita, occorre un prelievo nei siti in cui crescono attivamente queste forme di vita.
Ad esempio, cercando un particolare microrganismo produttore di petrolio, occorre un carotaggio in un terreno dove sappiamo si trova un giacimento. Si estrae il DNA che è presente in tutto il campione, e si avvia il sequenziamento. Saranno presenti genomi di svariati organismi (tra cui anche insetti e altre forme di vita), ma a noi non interessa tanto andare a sequenziare un genoma in particolare, ma solo andare ad identificare quel particolare gene produttore di petrolio. Questa tecnica ovviamente si può applicare anche per la ricerca di un nuovo antibiotico, di produttori di metano, etc.
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