ImageJ

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ImageJ
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varie schermate di plugin diversi di ImageJper la microscopia, in esecuzione.
varie schermate di plugin diversi di ImageJ
per la microscopia, in esecuzione.
Sviluppatore Wayne Rasband (NIH)
Ultima versione 1.47b (12 agosto 2012)
Sistema operativo GNU/Linux
Mac OS X
Unix-like
Linguaggio Java
Genere Elaborazione digitale delle immagini
Licenza Dominio pubblico
(Licenza libera)
Sito web rsb.info.nih.gov/ij

ImageJ è un programma informatico di elaborazione digitale delle immagini, rilasciato nel pubblico dominio, basato su Sun-Java; sviluppato dal National Institutes of Health degli Stati Uniti.[1] ImageJ è stato progettato con una open architecture che prevede la possibilità di avere estensioni tramite piccoli sottoprogrammi "plugin Java" e molte macro registrabili.[2]

Sono disponibili dei plugin "ad hoc" per l'acquisizione, l'analisi ed il processamento delle immagini, che possono essere "stacks", cioè fettine impilate di una sezione cubica (formati da voxel di dati a 8, 16 o 32 bit, caratterizzati da avere coordinate topografiche tridimensionali) memorizzate come un unico file, che possono essere in seguito evidenziate (ROI), trasformate, rigirate o deformate in base a diversi criteri.

Caratteristiche[modifica | modifica wikitesto]

Editor di plugin[modifica | modifica wikitesto]

ImageJ possiede un editor di plugin incorporato ed un compilatore Java. Molti plugin scritti dagli utenti gli rendono possibile risolvere molti problemi di processamento delle immagini e di analisi, dalla visualizzazione di cellule viventi tridimensionali,[3] all'image processing in radiologia,[4] il confronto tra i dati di molteplici sistemi di imaging[5] fino a sistemi automatizzati per l'ematologia.[6]

L'architettura a plugin di imageJ e l'ambiente di sviluppo in esso incorporato lo hanno reso una piattaforma molto popolare per l'insegnamento del processamento delle immagini.[7][8]

ImageJ può essere fatto girate come un applet online, come un'applicazione scaricabile dalla rete, oppure su qualsiasi computer (Mac, Linux, Windows) che abbia installato la macchina virtuale Java 1.4 o versioni posteriori. Versioni scaricabili dalla rete sono disponibili per Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux, e per il computer palmare Sharp Zaurus. Il codice sorgente per ImageJ è liberamente scaricabile.[9]

Lo sviluppatore del progetto, Wayne Rasband, è un membro dell'istituto "Research Services Branch" del National Institute of Mental Health (USA).

Formati di immagine supportati[modifica | modifica wikitesto]

ImageJ può visualizzare, editare, analizzare, processare, salvare, e stampare immagini a livelli di grigio (8 bit, 16 bit e 32 bit) ed a colori (8 bit e 24 bit). Può leggere molti formati di immagine inclusi TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, così come anche alcuni formati "raw". ImageJ supporta gli stack di immagini, serie di immagini sovrapposte (sia spazialmente come "sezioni" di un corpo tridimensionale, sia temporalmente come una sequenza di immagini bi o tri-dimensionali, comunque denominate "slices") che condividono una singola finestra, ed è abilitato al multithreading, in modo che alcune operazioni che richiedono molto tempo di calcolo possano essere eseguite in parallelo su hardware multi-CPU.

Funzioni di calcolo e trasformazioni[modifica | modifica wikitesto]

ImageJ può calcolate l'area e le statistiche dei valore dei pixel in selezioni definite dall'utente e di oggetti segmentati in base a soglie di intensità. Può anche misurare distanze e angoli. Può creare istogrammi di densità e tracciare delle linee profilo (tra punti definiti). Supporta le funzioni di elaborazione standard delle immagini, come operazioni di tipo logico e aritmetico tra immagini, regolazione di luminosità e contrasto, convoluzione, analisi di Fourier, incremento della nitidezza, lo smoothing, riconoscimento dei contorni e filtraggio mediano, morfologia matematica. Esegue anche trasformazioni geometriche come lo scaling, rotazione e riflessione. Il programma può aprire qualsiasi numero di immagini simultaneamente, limitato soltanto dalla memoria RAM disponibile nel computer.

Manuali in italiano[modifica | modifica wikitesto]

Storia[modifica | modifica wikitesto]

Prima dell'uscita di ImageJ nel 1997, era disponibile NIH Image, un sistema di analisi di immagini simile rilasciato come freeware, che era stato sviluppato per il Macintosh per l'omonimo sistema operativo. Successivi sviluppi di questo codice continuano sotto il nome di Image SXM, una variante messa a punto per la ricerca su immagini prodotte dal microscopio elettronico a scansione. Venne sviluppata anche una versione per Windows, portato su questa piattaforma dalla Scion Corporation. Entrambe le versioni sono ancora disponibili.[10]

Note[modifica | modifica wikitesto]

  1. ^ Collins TJ, ImageJ for microscopy in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, luglio 2007, pp. 25–30, DOI:10.2144/000112517, PMID 17936939.
  2. ^ Girish V, Vijayalakshmi A, Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ in Indian J Cancer, vol. 41, nº 1, 2004, p. 47, PMID 15105580.
  3. ^ Eliceiri K, Rueden C, Tools for visualizing multidimensional images from living specimens in Photochem Photobiol, vol. 81, nº 5, 2005, pp. 1116–22, DOI:10.1562/2004-11-22-IR-377, PMID 15807634.
  4. ^ Barboriak D, Padua A, York G, Macfall J, Creation of DICOM–aware applications using ImageJ in J Digit Imaging, vol. 18, nº 2, 2005, pp. 91–9, DOI:10.1007/s10278-004-1879-4, PMID 15827831.
  5. ^ Rajwa B, McNally H, Varadharajan P, Sturgis J, Robinson J, AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit in Microsc Res Tech, vol. 64, nº 2, 2004, pp. 176–84, DOI:10.1002/jemt.20067, PMID 15352089.
  6. ^ Gering E, Atkinson C, A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis in J Parasitol, vol. 90, nº 4, 2004, pp. 879–81, DOI:10.1645/GE-222R, PMID 15357090.
  7. ^ Burger W, Burge M, Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java, Springer, 2007, ISBN 1-84628-379-5.
  8. ^ Dougherty, G, Digital Image Processing for Medical Applications, Cambridge University Press, 2009, ISBN 978-0-521-86085-7.
  9. ^ Rueden CT, Eliceiri KW, Visualization approaches for multidimensional biological image data in BioTechniques, vol. 43, 1 Suppl, luglio 2007, pp. 31, 33–6, DOI:10.2144/000112511, PMID 17936940.
  10. ^ NIH File: About. URL consultato il 18 novembre 2008.

Collegamenti esterni[modifica | modifica wikitesto]

Distribuzioni[modifica | modifica wikitesto]

Plugins[modifica | modifica wikitesto]

NIH Image[modifica | modifica wikitesto]