La stagione 1998-1999 rivede il Foggia in serie C1 dopo 9 stagioni tra serie A e serie B. La società, sempre nelle mani del tribunale di Napoli, affida la presidenza a Massimo Di Lauro che rifonda la squadra con parecchi giovani del settore primavera e con la promozione dello stesso allenatore della formazione primavera, cioè Lorenzo Mancano. L'inizio è incoraggiante ma è chiaro che la persistente discontinuità di risultati della squadra dovuta all'inesperienza e alla mancanza di una società solida alle spalle non possa promettere nulla di buono, e dopo le tre sconfitte consecutive rimediate con Atletico Catania, Battipagliese e Castel di Sangro il Foggia sprofonda in zona play out per uscirne per l'ultima volta dopo il successo casalingo con il Giulianova.
Ad ottobre accade il colpo di scena: la Soiv, per conto di Franco Sensi (all'epoca patron della Roma), si aggiudica all'asta fallimentare il 66% delle quote del Foggia Calcio per 4 miliardi e 100 milioni di lire. Il presidente giallorosso sbarca trionfalmente a Foggia il 14 dicembre e si fa accompagnare da Zdeněk Zeman: si parla apertamente di promozione in B e invece i satanelli entrano in crisi di identità e sprofondano nelle zone basse della graduatoria. Per l'assegnazione delle quote di maggioranza alla Roma bisogna attendere il 22 gennaio del 1999; il 23 febbraio il sindaco Agostinacchio accetta la proposta di Sensi e viene nominato presidente del Foggia: si compone il nuovo CDA, con Ferreri vicepresidente e Castello, Rotunno ed Argento consiglieri; l'avvocato Nazzaro è il nuovo amministratore delegato, Mauro Meluso (già centravanti del Foggia nel Novanta con Zeman allenatore) viene nominato direttore generale.
Si perde tempo per rafforzare la squadra, il Foggia va a rotoli e conosce persino l'onta di soggiornare all'ultima posizione in classifica. L'allenatore Mancano perde il controllo della situazione e viene sostituito con Brini, che però riuscirà solo ad evitare la retrocessione diretta (ai danni dell'Acireale), non i play-out. Al Foggia penultimo tocca l'Ancona quintultimo: il 23 maggio ed il 6 giugno si giocano due gare drammatiche. All'andata un gol di Pilleddu illude i rossoneri che però cadono al Cònero, ad 11' dalla salvezza: è l'argentino La Grotteria ad affossare i satanelli, rimasti in nove per le espulsioni di Palo e Perrone. In poco più di dodici mesi il Foggia sprofonda dalla B alla C/2, una categoria da cui si era allontanato da ben 41 anni.
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