Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 2003-2004 è stato il tredicesimo organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questi sono i gironi organizzati dal Comitato Regionale Marche.
Nessuna squadra era stata retrocessa dalla Serie D, quindi furono cinque matricole a completare i ranghi: tra queste il Camerino ritornava nel massimo palcoscenico regionale dopo 2 stagioni di assenza mentre nuova linfa era data dalle debuttanti Caldarola, Falco Acqualagna, Juventina Ragazzi di Via Salaria Ascoli e Mondolfo.
Il torneo vide il successo finale della Pergolese che salì in Serie D. I playoff regionali scatenarono sorprese e polemiche: Montegiorgio e Jesina vennero spazzate via dalle peggio piazzate Urbisalviense e Centobuchi. Gli arancioblu, arrivati a 12 lunghezze dal secondo posto, vinsero gli spareggi regionali ma non riuscirono a prevalere in quelli nazionali. In fondo alla graduatoria la classifica corta sfavorì la Forsempronese che retrocedette all'ultimo posto pur totalizzando 31 punti. Castelfrettese e Recanatese non riuscirono ad avere la meglio nei playout e finirono in Promozione mentre il Lucrezia per la quarta volta su quattro riusciva a spuntarla nelle sfide salvezza.