Discussione:DNA non codificante

Ciao GiaC, grazie della bella voce sul junk DNA. Vista la lunghezza ci ho messo un po' a leggerlo e riassumo qui le mie critiche:

• Titolo della voce: io lo sposterei a DNA non codificante (lasciando redirect da junk DNA e da DNA spazzatura e la loro menzione nell'introduzione della voce - che andrebbe nel caso di uno spostamento un po' adattata). Questo lo dico perchè secondo me è più NPOV (il chiamarlo spazzatura o meno è oggetto di discussione) e suona anche più formale (il che è un bene in un'enciclopedia)
• Introduzione: ho provato a riformulare la definizione; prova a dare un'occhiata se ti piace così o si può ancora migliorare?

Nel paragrafo "Perchè DNA spazzatura?"

• Circa il 98.5% del genoma umano è composto di junk DNA. Sarebbe bello indicare una fonte per questo valore, ho cercato un po' ma non ne trovo una adatta.
• [...]la rimozione degli introni di un gene produce il non funzionamento del trascritto[...]Un esperimento di questo tipo è stato svolto in una specie di pianta[...] Purtroppo non conosco lo studio, ma mi chiedo se l'affermazione non sia un po' troppo generalizzata. Mi chiedo anche: ma hanno provato con 1 gene di 1 specie e hanno stabilito che è sempre così?

Nel paragrafo "Conservazione del junk DNA"

• [...] Una recente scoperta ha messo in evidenza circa 500 elementi ultraconservati in tutti i genomi di vertebrati analizzati [...] visto che si tratta di risultati preliminari mi chiedo se sia il caso di citarli in una voce di enciclopedia.

Infine le mie idee in merito alle "Teorie alternative"

• FractoGene: la cosa mi sembra molto strana, così come il loro sito web; tra l'altro nonostante abbia visto delle citazioni di articoli sul loro sito, nessuno mi sembra abbia in realtà a che vedere con il junk DNA. Io direi di togliere in toto la teoria (visto il precetto Wikipedia:Niente ricerche originali.) secondo me va poi tolto anche il link junkdna.com tra i collegamenti esterni (è ancora legato alle loro teorie, vero?)
• la stessa cosa direi delle teorie new age. eliminare.
• per cui trasformerei il capitolo in qualcosa come "controversia tra evoluzionismo e creazionismo" (il titolo esatto va trovato). In realtà le teorie creazioniste mi piacciono altrettanto poco del Fractogene e delle strampalate teorie new age, ma devono rimanere nella voce perchè molto diffuse, quindi rilevanti in un'enciclopedia.

--McGonnell (Scrivimi) 14:34, 5 giu 2006 (CEST)

Con ordine:

• Titolo della voce e introduzione.

Spostata! Pienamente d'accordo con te... Per te occorre cambiare anche tutti i junk DNA disseminati nella voce?

• Circa il 98.5% del genoma umano è composto di junk DNA. Qui c'è una bella immagine, ma è di un libro (su cui peraltro ho studiato)(si potrebbe anche rifare in quattro e quattr'otto (e in italiano) con word)... Le reference sono i risultati del progetto genoma umano, in particolare il dato è scritto già nell'abstract del gruppo di Venter, quello apparso su Science (anche se il dato lì è 1.1%)... Che fare?
• [...]la rimozione degli introni di un gene produce il non funzionamento del trascritto[...]Un esperimento di questo tipo è stato svolto in una specie di pianta[...] Purtroppo non conosco lo studio, ma mi chiedo se l'affermazione non sia un po' troppo generalizzata. Mi chiedo anche: ma hanno provato con 1 gene di 1 specie e hanno stabilito che è sempre così?

Ehm, problemi che traducendo non mi sono posto... Il fatto è che io non so come si fanno le citazioni in corso di paragrafo, quindi la bibliografia l'ho messa tutta in fondo... Ma in effetti, se è così si potrebbe anche togliere proprio...

• [...] Una recente scoperta ha messo in evidenza circa 500 elementi ultraconservati in tutti i genomi di vertebrati analizzati [...] visto che si tratta di risultati preliminari mi chiedo se sia il caso di citarli in una voce di enciclopedia..

Tiriamo via?

• "Teorie alternative"

OK, via tutto (avevo bisogno di una voce più autorevole per farlo...). Paragrafo "Ruolo del DNA non codificante per evoluzionismo e creazionismo" che puoi cambiare...

--Giac!! - (Tiago è qui) 15:23, 5 giu 2006 (CEST)

Ho rinominato un po' di "junk" nel testo a "non codificante", "DNA non codificante", "sequenze non codificanti".... --McGonnell (Scrivimi) 16:53, 5 giu 2006 (CEST)

Salve, non sono un utente registrato di wikipedia e non so se questa è la maniera corretta di intervenire, comunque mi sembra che questa voce contenga due gravi inesattezze che vi segnalo: 1) La percentuale di introni nel genoma umano è circa del 26%, come si può vedere chiaramente dal grafico a pagina 29 del libro di Gregory citato nelle referenze. Quindi se si considerano gli introni come codificanti la parte non codificante scende dal 98.5% al 72.5% circa. 2) Il "C-value" non è assolutamente un parametro che misura la complessità di un organismo, ma semplicemente il peso del DNA nucleare aploide (vedi pagina 7 del libro di Gregory). Il "C-value paradox" si riferisce al fatto che la complessità di un organismo non è strettamente correlata al suo C-value.

Grazie per la segnalazione. Mi scuso se ho annullato le modifiche che hai fatto ieri ma, senza le precise fonti che hai riportato ho pensato fosse meglio mantenere stabile la voce. Se vuoi inserire le due correzioni, dunque, fai pure. Sul punto 2 sono d'accordo, ma sul punto uno vorrei qualche maggior chiarimento. In fondo anche quel 26% di introni è junk-dna, no? Non viene trascritto, in fondo. Forse si potrebbe inserire l'info dicendo che il dato (72.5) raggiunge il 98.5% se si considerano gli introni. Così è chiaro. No? Grazie per la pazienza e la collaborazione! ----{G83}---- 15:27, 6 lug 2007 (CEST)

Ho corretto la voce secondo le tue indicazioni. E creato la voce C-value. Che ne dici? ----{G83}---- 17:11, 6 lug 2007 (CEST)

• non è possibile che il junk DNA sia semplicemente materia inutile per ammortizzare gli effetti degli eventuali errori nella replicazione del DNA stesso? esiste qualche teoria del genere? per me avrebbe senso cosi' manon voglio fare la mia teoria.. voglio sapere se questa possibilità è stata presa in considerazione. leggo infatti, ad esempio: "Parte del junk DNA è ritenuto essere, più semplicemente, un elemento spaziatore tra geni. In questo modo gli enzimi che hanno rapporti con il materiale genetico avrebbero la possibilità di complessare più agevolmente il DNA. Il DNA spazzatura così, potrebbe avere una funzione fondamentale pur essendo composto di una sequenza assolutamente casuale."

Secondo me è la spiegazione piu' logica tra le tante. esistono approfondimenti a riguardo? ciao

Con quella poca esperienza che mi sono fatto al riguardo, certamente il DNA non codificante è stato mantenuto lungo l'evoluzione perchè conferiva un vantaggio evolutivo all'organismo (come detto anche nel paragrafo). Sapere esattamente quale sia questo vantaggio sarà forse difficile determinarlo sperimentalmente, ma di certo la tua ipotesi è verosimile (=a me sembra verosimile). Se però non c'è qualche lavoro autorevole che formuli espressamente questa ipotesi, dobbiamo astenerci dall'inserirla nella voce... --Giac83 18:36, 3 mar 2009 (CET)

certo certo volevo solo sapere se esistessero :) grazie

Referenze

Le referenze sono un po' da sistemare a mio parere, è difficile verificare quali parti siano supportate da fonti e quali no. Ad esempio il paragrafo "Ruolo del DNA non codificante per il creazionismo" mi pare sia completamente privo di referenze oltre che sbilanciato, nell'ultima sentenza sembra infatti che le "evidenze" siano un "punto di vista" degli evoluzionisti. Cippo7585 (msg) Cippo7585 (msg) 08:36, 21 apr 2010 (CEST)

DNA spazzatura

E se tutta quella DNA spazzatura fosse la memoria ? Жубрик марина (msg) 06:43, 4 ott 2017 (CEST)

Collegamenti esterni modificati

Gentili utenti,

ho appena modificato 1 collegamento esterno sulla pagina DNA non codificante. Per cortesia controllate la mia modifica. Se avete qualche domanda o se fosse necessario far sì che il bot ignori i link o l'intera pagina, date un'occhiata a queste FAQ. Ho effettuato le seguenti modifiche:

• Aggiunta del link all'archivio https://web.archive.org/web/20060224065206/http://www.evowiki.org/index.php/Junk_DNA per http://www.evowiki.org/index.php/Junk_DNA

Fate riferimento alle FAQ per informazioni su come correggere gli errori del bot.

Saluti.—InternetArchiveBot (Segnala un errore) 16:38, 6 apr 2019 (CEST)

Collegamenti esterni modificati

Gentili utenti,

ho appena modificato 1 collegamento esterno sulla pagina DNA non codificante. Per cortesia controllate la mia modifica. Se avete qualche domanda o se fosse necessario far sì che il bot ignori i link o l'intera pagina, date un'occhiata a queste FAQ. Ho effettuato le seguenti modifiche:

• Aggiunta del link all'archivio https://web.archive.org/web/20060618131448/http://www.seedmagazine.com/news/2006/03/junk_dna_in_the_trunk.php per http://www.seedmagazine.com/news/2006/03/junk_dna_in_the_trunk.php

Fate riferimento alle FAQ per informazioni su come correggere gli errori del bot.

Saluti.—InternetArchiveBot (Segnala un errore) 16:20, 7 lug 2019 (CEST)

Voce da ristrutturare

La voce era originariamente junk DNA, modificata successivamente in DNA non codificante. Come correttamente affermato nell'introduzione il DNA non codificante in un genoma non contiene codifiche per sequenze di proteine. Secondo l'impostazione della voce, tutto il resto del genoma era stato chiamato junk DNA (o DNA spazzatura nella poco elegante traduzione italiana) perchè la sua funzione non era conosciuta. Con l'avanzare della ricerca, nuove funzioni sono state scoperte nel DNA non codificante: rRNA, tRNA, centromeri, telomeri, origini di replicazione del DNA, regolatori dell'espressione genica molto distanti dal gene (es. enhancer, silencer, insulator), long non coding RNA, che pur non producendo alcuna proteina possono avere funzioni fondamentali, e micro-RNA. L'impostazione della voce sottende un'idea che ha preso piede recentemente in alcuni ambiti della genomica, anche ad altissimo livello scientifico: che l'avanzamento della ricerca scoprirà sempre più nuove funzioni nel DNA non codificante fino all'affermazione che la quasi totalità del genoma sia funzionante.

Questa idea deriva dalle interpretazioni dei risultati di un gigantesco progetto di genomica funzionale sul genoma umano, ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements). Nel 2012 il progetto ENCODE aveva pubblicato la scoperta che circa l'80% del genoma umano è trascritto e quindi funzionale. Un famoso editoriale sul "funerale del junk DNA" era stato pubblicato sulla rivista Science (Elisabeth Pennisi: ENCODE Project Writes Eulogy For Junk DNA, Science, vol 337, 7 September 2012).

Tuttavia, queste interpretazioni dei risultati hanno attirato le critiche di altri scienziati: la trascrizione del DNA, a livelli molto bassi, può essere un "rumore di fondo" e non indica di per sè funzionalità. Le principali evidenze che una larga frazione del DNA genomico non possiede nessuna funzione sono:

1) Carico di mutazioni de novo da una generazione all'altra: se tutto il genoma fosse funzionale questo carico sarebbe letale.

2) La maggior parte delle sequenze genomiche non sono conservate.

3) La grande differenza nelle dimensioni dei genomi senza una correlazione con la complessità degli organismi. Ad es. il genoma del pesce Takifugu rubripes (Fugu) è composto da 384 milioni di coppie di basi, mentre il genoma del Neoceratodus forsteri, un pesce australiano appartenente all'ordine dei Dipnoi, ha un genoma di 43 miliardi di coppie di basi. E' difficile credere che il pesce polmonato australiano richieda informazioni genetiche cento volte maggiori rispetto al Fugu per il suo concepimento e sviluppo. Il genoma del Fugu ha una delle più basse percentuali conosciute di contenuto di sequenze ripetitive (2,7%) mentre il 67,3% del genoma del pesce polmonato australiano è composto da DNA ripetitivo.

Inoltre, la lunghezza media degli introni del genoma del Fugu è di 1000 coppie di basi, mentre nel genoma del Neoceratodus forsteri è di 50000 coppie di basi (6000 nel Homo sapiens). Questo a fronte di un numero comparabile di geni codificanti proteine (Takifugu rubripes: 21411; H.sapiens: 20471; Neoceratodus forsteri: 31120).

A mio avviso la voce andrebbe ristrutturata seguendo la linea qui esposta. I riferimenti al genoma umano andrebbero aggiornati (la pagina si riferisce ad una versione del genoma umano alquanto datata (2001). Ogni affermazione dovrebbe essere supportata da una referenza scientifica. E' presente una lista bibliografica di referenze ma non sono connesse con il testo. L'attuale disputa scientifica sul junk DNA dovrebbe essere evidenziata. Una più moderna definizione del junk DNA è: "DNA che non codifica nessuna informazione che promuove la sopravvivenza e la riproduzione dell'organismo che lo contiene". Pertanto potrebbe essere chiamato DNA non funzionale.

--Tyrsenos (msg) 15:55, 22 mag 2022 (CEST)