L'annata 1987-1988 ritrova l'Atalanta in serie B a causa della retrocessione della precedente stagione, ma anche qualificata nella competizione europea della Coppa delle Coppe, grazie al fatto di avere disputato a giugno le finali di Coppa Italia contro il Napoli campione d'Italia, e quindi iscritto alla Coppa dei Campioni.
La stagione per la truppa guidata da Emiliano Mondonico non comincia nel migliore dei modi, vista l'eliminazione dalla Coppa Italia al primo turno, nel settimo girone di qualificazione. In questi gironi la vittoria vale 3 punti, ed in caso di parità, come ad Arezzo, si va ai calci di rigore, chi vince si prende 2 punti, chi perde un solo punto. Il campionato, pur a fasi alterne, vede sempre la squadra bergamasca nelle zone nobili della classifica, ed anche se con qualche affanno, la promozione arriva puntuale, all'ultima giornata d campionato con 47 punti, grazie all'(1-0) interno sul Messina, con una sola lunghezza di vantaggio sul Catanzaro, la Dea risale così in Serie A con Bologna, Lecce e Lazio.
Ma il motivo per il quale questa stagione sarà a lungo ricordata dai tifosi atalantini è senza dubbio il cammino che ha portato i neroazzurri fino alle semifinali della Coppa delle Coppe. Anche qui, dopo un avvio incerto coinciso con una sconfitta nella gara di andata con i dilettanti gallesi del Merthyr Tydfil vi è stato un costante miglioramento nelle prestazioni che hanno portato la qualificazione ai turni successivi a spese dei suddetti gallesi prima, dei greci dell'OFI Creta negli ottavi, per incontrare nei quarti di finale lo Sporting Lisbona, già affrontato nella medesima competizione ventiquattro anni prima. La gara di andata ha visto i bergamaschi imporsi (2-0) grazie alle reti di Nicolini e Cantarutti, mentre nella partita di ritorno, disputata allo stadio José Alvalade, di nuovo una rete di Cantarutti ha messo il sigillo sulla qualificazione alle semifinali, in cui il sorteggio ha assegnato all'Atalanta i belgi del Malines.
A metà aprile l'Atalanta si è ritrovata ad essere l'unica squadra italiana ancora in corsa nelle coppe europee, attirando così su di sé grande attenzione. Il primo match, si è disputato in terra fiamminga, ed ha visto la vittoria dei padroni di casa (2-1) in un confronto molto equilibrato. Il ritorno si è giocato il 20 aprile 1988 in uno stadio Comunale esaurito in ogni ordine di posto, già alcune settimane prima dell'incontro. Il risultato però non ha premiato le attese dei bergamaschi, perché i belgi si sono imposti ancora (1-2).
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