La dirigenza, ottenuto il ritorno in Serie A, presenta una squadra rafforzata per poter aprire un nuovo ciclo nella massima serie. Nell'annata spiccano le vittorie contro il Bologna in casa e contro la Juventus a Torino, ma anche la visita dell'intera squadra a Papa Giovanni XXIII, anch'egli bergamasco. Conclude inoltre l'attività calcistica Stefano Angeleri, recordman di presenze in maglia neroazzurra, a causa di problemi cardiaci riscontrati dai medici.
Inoltre una sentenza, emessa in estate dalla FIGC, riabilita la società dall'accusa di illecito sportivo, motivo per il quale venne retrocessa due stagioni prima.
In Coppa Italia al primo turno elimina l'Alessandria ed al secondo il Genoa. Viene estromessa ai quarti di finale da uno sfortunato sorteggio che qualifica la Juventus, dopo che sia i tempi regolamentari che i calci di rigore avevano dato risultato di parità (8-8).
I nerazzurri partecipano anche alla Coppa dell'Amicizia, dove affrontano il Lens, battuto all'andata (1-0 a bergamo) ma capace di rifilare un 3-0 al ritorno; la selezione italiana (di cui fa parte l'Atalanta) risulta comunque vincente al termine del torneo.
^Tabellini tratti da: Atalanta-Alessandria 5-0, in Corriere dello Sport, 14 settembre 1959, p. 6.; Atalanta-Genoa 2-0, in Corriere dello Sport, 2 novembre 1959, p. 5.; Atalanta-Juventus 8-8 d.c.r., in Corriere dello Sport, 7 aprile 1960, pp. 1,4.
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